AMBER Archive (2008)

Subject: Re: AMBER: autodock pdb to obtain parm with tleap

From: Henar Martínez (henar_at_eis.uva.es)
Date: Wed Feb 27 2008 - 05:14:58 CST

David A. Case escribió: 

On Tue, Feb 26, 2008, Henar Martínez wrote:

  
Anybody know how to transform an autodock pdb file in a pdb one that 
tleap can use to generate the parm file.
The problem is: tleap does not recognize the atom types of the autodock 
pdb file.
    

We would need to see at least a little bit of the file to know what you are
talking about.  PDB files do not store atom type information, so it's hard
to know what the real problem is.

...dac

-----------------------------------------------------------------------
The AMBER Mail Reflector
To post, send mail to amber@scripps.edu
To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo@scripps.edu
I think the pdb file was in strange form, I send you again.

REMARK   4 XXXX COMPLIES WITH FORMAT V. 2.0
ATOM      1  C1  MOL   371     -10.209  -1.790   7.103  1.00  0.00      conf C 
ATOM      2  H11 MOL   371      -9.283  -1.928   6.498  1.00  0.00      conf H 
ATOM      3  H12 MOL   371     -10.155  -2.706   7.736  1.00  0.00      conf H 
ATOM      4  C5  MOL   371     -10.110  -0.537   7.960  1.00  0.00      conf C 
ATOM      5  H5  MOL   371     -10.961  -0.511   8.680  1.00  0.00      conf H 
ATOM      6  C3  MOL   371     -10.131   0.718   7.107  1.00  0.00      conf C 
ATOM      7  H3  MOL   371      -9.234   0.697   6.445  1.00  0.00      conf H 
ATOM      8  C4  MOL   371     -11.381   0.847   6.208  1.00  0.00      conf C 
ATOM      9  C2  MOL   371     -11.515  -0.483   5.397  1.00  0.00      conf C 
ATOM     10  H2  MOL   371     -10.602  -0.509   4.758  1.00  0.00      conf H 
ATOM     11  C15 MOL   371     -12.677  -0.515   4.397  1.00  0.00      conf C 
ATOM     12 1H15 MOL   371     -13.656  -0.706   4.895  1.00  0.00      conf H 
ATOM     13 2H15 MOL   371     -12.903   0.495   3.981  1.00  0.00      conf H 
ATOM     14  C13 MOL   371     -12.378  -1.536   3.302  1.00  0.00      conf C 
ATOM     15 1H13 MOL   371     -11.538  -1.181   2.660  1.00  0.00      conf H 
ATOM     16 2H13 MOL   371     -13.201  -1.551   2.550  1.00  0.00      conf H 
ATOM     17  C6  MOL   371     -11.463  -1.824   6.199  1.00  0.00      conf C 
ATOM     18  C10 MOL   371     -11.359  -2.991   5.182  1.00  0.00      conf C 
ATOM     19  C12 MOL   371     -10.754  -4.129   5.509  1.00  0.00      conf C 
ATOM     20  H12 MOL   371     -10.274  -4.208   6.499  1.00  0.00      conf H 
ATOM     21  C16 MOL   371     -10.699  -5.282   4.607  1.00  0.00      conf C 
ATOM     22  H16 MOL   371     -10.453  -6.273   5.024  1.00  0.00      conf H 
ATOM     23  C11 MOL   371     -12.094  -2.969   3.818  1.00  0.00      conf C 
ATOM     24  C17 MOL   371     -11.234  -3.771   2.752  1.00  0.00      conf C 
ATOM     25  C19 MOL   371      -9.859  -3.096   2.506  1.00  0.00      conf C 
ATOM     26 1H19 MOL   371      -9.326  -3.049   3.484  1.00  0.00      conf H 
ATOM     27 2H19 MOL   371      -9.947  -2.100   2.012  1.00  0.00      conf H 
ATOM     28 3H19 MOL   371      -9.263  -3.602   1.711  1.00  0.00      conf H 
ATOM     29  C25 MOL   371     -11.975  -3.836   1.391  1.00  0.00      conf C 
ATOM     30 1H25 MOL   371     -13.077  -3.879   1.552  1.00  0.00      conf H 
ATOM     31 2H25 MOL   371     -11.896  -2.859   0.860  1.00  0.00      conf H 
ATOM     32  C24 MOL   371     -11.528  -4.977   0.473  1.00  0.00      conf C 
ATOM     33 1H24 MOL   371     -10.489  -4.816   0.102  1.00  0.00      conf H 
ATOM     34 2H24 MOL   371     -12.068  -4.948  -0.502  1.00  0.00      conf H 
ATOM     35  C22 MOL   371     -11.674  -6.349   1.154  1.00  0.00      conf C 
ATOM     36  C18 MOL   371     -10.934  -5.175   3.308  1.00  0.00      conf C 
ATOM     37  C20 MOL   371     -10.773  -6.402   2.409  1.00  0.00      conf C 
ATOM     38  H20 MOL   371     -11.097  -7.287   3.005  1.00  0.00      conf H 
ATOM     39  C21 MOL   371      -9.284  -6.622   2.045  1.00  0.00      conf C 
ATOM     40 1H21 MOL   371      -8.858  -5.694   1.596  1.00  0.00      conf H 
ATOM     41 2H21 MOL   371      -8.669  -6.691   2.973  1.00  0.00      conf H 
ATOM     42  C26 MOL   371      -9.001  -7.829   1.132  1.00  0.00      conf C 
ATOM     43  C28 MOL   371      -7.520  -7.808   0.727  1.00  0.00      conf C 
ATOM     44 1H28 MOL   371      -6.890  -7.910   1.641  1.00  0.00      conf H 
ATOM     45 2H28 MOL   371      -7.257  -6.904   0.130  1.00  0.00      conf H 
ATOM     46 3H28 MOL   371      -7.280  -8.579  -0.042  1.00  0.00      conf H 
ATOM     47  C29 MOL   371      -9.870  -7.688  -0.128  1.00  0.00      conf C 
ATOM     48 1H29 MOL   371      -9.704  -8.545  -0.822  1.00  0.00      conf H 
ATOM     49 2H29 MOL   371      -9.502  -6.856  -0.772  1.00  0.00      conf H 
ATOM     50  C30 MOL   371     -11.358  -7.519   0.181  1.00  0.00      conf C 
ATOM     51 1H30 MOL   371     -11.944  -7.413  -0.762  1.00  0.00      conf H 
ATOM     52 2H30 MOL   371     -11.789  -8.473   0.564  1.00  0.00      conf H 
ATOM     53  C9  MOL   371     -11.111   2.006   5.223  1.00  0.00      conf C 
ATOM     54  H91 MOL   371     -11.015   2.954   5.801  1.00  0.00      conf H 
ATOM     55  H92 MOL   371     -11.883   2.072   4.421  1.00  0.00      conf H 
ATOM     56  H93 MOL   371     -10.227   1.814   4.571  1.00  0.00      conf H 
ATOM     57  C7  MOL   371     -12.629   1.237   7.021  1.00  0.00      conf C 
ATOM     58  H71 MOL   371     -12.824   0.400   7.732  1.00  0.00      conf H 
ATOM     59  H72 MOL   371     -13.509   1.486   6.383  1.00  0.00      conf H 
ATOM     60  H73 MOL   371     -12.535   2.228   7.523  1.00  0.00      conf H 
ATOM     61  O1  MOL   371      -9.981   1.799   8.008  1.00  0.00      conf O 
ATOM     62  H7  MOL   371      -9.203   1.684   8.533  1.00  0.00      conf H 
ATOM     63  O2  MOL   371      -8.900  -0.615   8.667  1.00  0.00      conf O 
ATOM     64  H8  MOL   371      -8.521  -1.467   8.488  1.00  0.00      conf H 
ATOM     65  C8  MOL   371     -12.693  -2.092   7.106  1.00  0.00      conf C 
ATOM     66  H81 MOL   371     -12.768  -1.253   7.837  1.00  0.00      conf H 
ATOM     67  H82 MOL   371     -12.658  -3.092   7.598  1.00  0.00      conf H 
ATOM     68  H83 MOL   371     -13.633  -2.245   6.526  1.00  0.00      conf H 
ATOM     69  C14 MOL   371     -13.471  -3.647   4.064  1.00  0.00      conf C 
ATOM     70 1H14 MOL   371     -14.075  -3.084   4.813  1.00  0.00      conf H 
ATOM     71 2H14 MOL   371     -13.353  -4.717   4.356  1.00  0.00      conf H 
ATOM     72 3H14 MOL   371     -14.032  -3.789   3.111  1.00  0.00      conf H 
ATOM     73  C23 MOL   371     -13.126  -6.587   1.564  1.00  0.00      conf C 
ATOM     74  O4  MOL   371     -13.495  -7.063   2.589  1.00  0.00      conf O 
ATOM     75  O3  MOL   371     -13.994  -6.269   0.602  1.00  0.00      conf O 
ATOM     76  H25 MOL   371     -14.423  -5.458   0.857  1.00  0.00      conf H 
ATOM     77  C27 MOL   371      -9.279  -9.157   1.857  1.00  0.00      conf C 
ATOM     78 1H27 MOL   371     -10.354  -9.172   2.151  1.00  0.00      conf H 
ATOM     79 2H27 MOL   371      -8.594  -9.328   2.720  1.00  0.00      conf H 
ATOM     80 3H27 MOL   371      -8.985 -10.047   1.253  1.00  0.00      conf H 
TER      81      MOL   371

Sorry. I hope this time was good.

Henar





----------------------------------------------------------------------- The AMBER Mail Reflector To post, send mail to amber@scripps.edu To unsubscribe, send "unsubscribe amber" to majordomo@scripps.edu