AMBER Archive (2006)

Subject: AMBER: experiments with amber9 and fortran nag f95 on mac os x 10.4.3

From: Mathy Froeyen (matheus.froeyen_at_rega.kuleuven.ac.be)
Date: Tue Apr 11 2006 - 12:44:40 CDT

Dear all,

I tried to compile amber9 on a mac osx 10.4.3
using the NAGWARE fortran95 f95 compiler.

After several patches
(in the amber list I found a mail about compiling amber7 using nag fortran)
I managed to create obj and lib.a files from the sources of sander and tools,
using

make serial

however the link phase failed
with the error message given below.

A simple fortran95 program provided by NAG
compiles and runs without a problem.

Can somebody help in determinig
what might be going wrong?

regards,
mathy froeyen

-------

f95 -free -lm -o sander evb_vars.o evb_input.o evb_init.o evb_alloc.o
evb_dealloc.o check_input.o evb_io.o evb_keywrd.o exchange_CM.o evb_mcp.o
evb_force.o diabatic.o evb_2stdebug.o egap_umb_2stdebug.o exchange_gauss.o
exchange_warshel.o morsify.o morse_anal2num.o evb_matrix.o evb_ntrfc.o out_evb.o
constants.o stack.o qmmm_module.o trace.o lmod.o decomp.o icosasurf.o egb.o
findmask.o pb_force.o pb_exmol.o pb_mpfrc.o pb_direct.o pb_list.o np_force.o
sa_driver.o relax_mat.o nmr.o multisander.o sander.o trajene.o cshf.o nmrcal.o
pearsn.o printe.o runmin.o rdparm.o mdread.o locmem.o runmd.o getcor.o degcnt.o
decnvh.o fastwt.o parallel.o shake.o ene.o mdwrit.o minrit.o set.o dynlib.o
mdfil.o nmlsrc.o ew_force.o ew_setup.o ew_box.o ew_bspline.o ew_fft.o
nonbond_list.o short_ene.o ew_recip.o pcshift.o align.o rfree.o rgroup.o
random.o amopen.o debug.o ew_recip_reg.o ew_handle_dips.o ew_dipole_recip.o
mexit.o new_time.o extra_pts.o thermo_int.o matinv.o assert.o mmtsb.o
mmtsb_client.o erfcfun.o veclib.o is_init.o constantph.o prn_dipoles.o ips.o
sglds.o amoeba_valence.o amoeba_multipoles.o amoeba_recip.o amoeba_interface.o
amoeba_direct.o amoeba_mdin.o amoeba_adjust.o amoeba_self.o amoeba_vdw.o
amoeba_induced.o amoeba_runmd.o bintraj.o spatial_recip.o spatial_fft.o parms.o
qm_mm.o qm_link_atoms.o qm_nb_list.o qm_extract_coords.o qm_ewald.o qm_gb.o
qm_zero_charges.o qm_print_info.o qm_assign_atom_types.o qm2_allocate_e_repul.o
qm2_calc_charges.o qm2_calc_rij_and_eqns.o qm2_dihed.o qm2_energy.o qm2_fock.o
qm2_get_qm_forces.o qm2_get_qmmm_forces.o qm2_h1elec.o qm2_hcore_qmqm.o
qm2_hcore_qmmm.o qm2_identify_peptide_links.o qm2_load_params_and_allocate.o
qm2_repp.o qm2_rotate_qmqm.o qm2_scf.o qm2_setup_orb_exp.o qm2_smallest_number.o
qm2_dftb_module.o qm2_dftb_broyden.o qm2_dftb_dispersion_egr.o
qm2_dftb_dispersion_params.o qm2_dftb_dispersionread.o qm2_dftb_eglcao.o
qm2_dftb_energy.o qm2_dftb_ewevge.o qm2_dftb_externalchgrad.o
qm2_dftb_externalshift.o qm2_dftb_fermi.o qm2_dftb_forces.o qm2_dftb_gamma.o
qm2_dftb_gammamat.o qm2_dftb_get_qmmm_forces.o qm2_dftb_gettab.o
qm2_dftb_load_params.o qm2_dftb_long_range.o qm2_dftb_main.o
qm2_dftb_my_gradient.o qm2_dftb_my_mulliken.o qm2_dftb_repulsiv.o
qm2_dftb_self.o qm2_dftb_shift.o qm2_dftb_short_range.o qm2_dftb_skpar.o
qm2_dftb_slkode.o qm2_dftb_slktrafo.o \
                  qm_div.o force.o \
         ../lmod/lmod.a ../dcqtp/src/qmmm/libdivcon.a \
         ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a \
         ../lib/nxtsec.o ../lib/sys.a
/usr/bin/ld: Undefined symbols:
_getarg_
_iargc_
_exit_
_getenv_
_flush_
_global_module_MP_iout
_global_module_MP_keywrd
_global_module_MP_natoms
_global_module_MP_am1
_global_module_MP_atchg
_global_module_MP_atchg2
_global_module_MP_atchg3
_global_module_MP_cm1
_global_module_MP_cm2
_global_module_MP_iatnum
_global_module_MP_ijmat
_global_module_MP_maxatm
_global_module_MP_padiag
_global_module_MP_pbdiag
_global_module_MP_pdiag
_global_module_MP_pdiat
_global_module_MP_pm3
_global_module_MP_uhf
_global_module_MP_iimat
_global_module_MP_msorb2
_global_module_MP_ww
_global_module_MP_xyz
_global_module_MP_pbc
_global_module_MP_direct
_global_module_MP_ecore
_global_module_MP_eelect
_global_module_MP_etot
_global_module_MP_fdmx
_global_module_MP_frst_energy
_global_module_MP_gnorm
_global_module_MP_iscr
_global_module_MP_notfroz
_global_module_MP_nscf
_global_module_MP_screen
_global_module_MP_centrl
_global_module_MP_dorbs
_global_module_MP_dorbsi
_global_module_MP_dorbsj
_global_module_MP_eerep
_global_module_MP_enuclr
_global_module_MP_hdiat
_global_module_MP_ijrep
_global_module_MP_lbelly
_global_module_MP_padiat
_global_module_MP_pbdiat
_global_module_MP_tgrad
_min_module_MP_ibelly
_global_module_MP_guess
_global_module_MP_maxres
_global_module_MP_fname
_global_module_MP_iunit
_global_module_MP_mxpair
_global_module_MP_prmize
_global_module_MP_prtpar
_global_module_MP_recipintr
_global_module_MP_tp
_global_module_MP_ich
_global_module_MP_maxsub
_global_module_MP_ijold
_global_module_MP_ipold
_freq_module_MP_brfo
_freq_module_MP_follow
_freq_module_MP_frfo
_freq_module_MP_hess
_freq_module_MP_urfo
_freq_module_MP_xs
_global_module_MP_atarea
_global_module_MP_atom_inf
_global_module_MP_drx
_global_module_MP_efermi
_global_module_MP_efprvec
_global_module_MP_eprsub
_global_module_MP_eprvec
_global_module_MP_etotals
_global_module_MP_eval
_global_module_MP_evec
_global_module_MP_evecsq
_global_module_MP_fadiag
_global_module_MP_fadiat
_global_module_MP_fbdiag
_global_module_MP_fbdiat
_global_module_MP_fdiag
_global_module_MP_fdiat
_global_module_MP_fermi
_global_module_MP_ff
_global_module_MP_grad
_global_module_MP_hdiag
_global_module_MP_heats
_global_module_MP_iattyp
_global_module_MP_ifdiag
_global_module_MP_ifdiat
_global_module_MP_iopt
_global_module_MP_iprsub
_global_module_MP_iprvec
_global_module_MP_izmat
_global_module_MP_rforc
_global_module_MP_rpair
_global_module_MP_schg
_global_module_MP_vecerr
_global_module_MP_vecs
_global_module_MP_xschg
_global_module_MP_zmat
_ljglobals_MP_iatmtyp
_ljglobals_MP_ionlist
_min_module_MP_dcoord
_min_module_MP_dgrad
_min_module_MP_hinv
_min_module_MP_nbelly
_min_module_MP_o_coords
_tools_module_MP_ddos
_tools_module_MP_idos
_freq_module_MP_bfreq
_global_module_MP_cutbnd
_global_module_MP_frst_bpair
_global_module_MP_mbpair
_global_module_MP_scrf
_min_module_MP_bopt
_global_module_MP_frst_doscf
_global_module_MP_frst_initp
_global_module_MP_fullscf
_global_module_MP_icall
_global_module_MP_last_scrf
_global_module_MP_msval
_global_module_MP_ncalls
_global_module_MP_ndblscf
_global_module_MP_ndiag
_global_module_MP_nelec
_global_module_MP_onescf
_global_module_MP_outstring
_global_module_MP_pvec
_global_module_MP_setch
_global_module_MP_stand
_global_module_MP_tcalls
_global_module_MP_tfock
_global_module_MP_tfockav
_global_module_MP_tscf
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_global_module_MP_wrtedmx
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_global_module_MP_frst_glbpnt
_global_module_MP_maxrep
_global_module_MP_mxdiag
_global_module_MP_mxdiat
_global_module_MP_nalpha
_global_module_MP_nbeta
_global_module_MP_soldmx
_global_module_MP_solvcalc
_global_module_MP_rmaximr
_global_module_MP_rminimr
_global_module_MP_mslist
_global_module_MP_msorb
_global_module_MP_frst_etimer
_global_module_MP_maxhes
_global_module_MP_maxpar
_global_module_MP_mlbfgs
_global_module_MP_mxdgts
_global_module_MP_mxlb
_global_module_MP_mxlb2
_global_module_MP_mxstor
_min_module_MP_flbfgs
_min_module_MP_ibfgson
_min_module_MP_ibfgson1
_min_module_MP_mxstor1
_global_module_MP_mcell3
_global_module_MP_mxcluster
_global_module_MP_maxsresf
_global_module_MP_evala
_global_module_MP_evalb
_global_module_MP_eveca
_global_module_MP_evecb
_global_module_MP_ffa
_global_module_MP_ffb
_global_module_MP_fratio
_global_module_MP_msrorb2
_global_module_MP_mxfdiag
_global_module_MP_mxfdiat
_global_module_MP_cart
_global_module_MP_gradient
_global_module_MP_pdb
_global_module_MP_rotat
_global_module_MP_zgen
_freq_module_MP_sizehess
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_global_module_MP_fhyd
_global_module_MP_inpt
_global_module_MP_inter
_global_module_MP_ipdb
_global_module_MP_maxatres
_global_module_MP_maxatres3
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_min_module_MP_boptlbfgs
_min_module_MP_boptsteep
_global_module_MP_xlog2
_system_
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [sander] Error 1
make: *** [serial] Error 2

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