AMBER Archive (2009)

Subject: Re: [AMBER] too many undefined parameters in frcmod

From: xueqin pang (pangxueqintea_at_yahoo.com.cn)
Date: Thu Oct 29 2009 - 08:06:24 CDT


Junmei,  Jason, Francois and other Amber-mail-list users:
 
Thanks so much for your solutions. They do have me a lot, not only on solving this problem but also understanding Amber and its usage.
 
Thanks
 
Best wishes to you all
 
Xueqin

--- 09年10月26日,周一, Junmei Wang <junmwang_at_gmail.com> 写道:

发件人: Junmei Wang <junmwang_at_gmail.com>
主题: Re: [AMBER] too many undefined parameters in frcmod
收件人: "AMBER Mailing List" <amber_at_ambermd.org>
日期: 2009年10月26日,周一,下午10:45

Hi Xueqin,
If you want to use both parm99 series force fields and gaff for your organic
molecules (and protein/nucleic acid force field parameters have the higher
priority to be used), a good solution is to merge the protein force field
and the gaff and use the combined force field to run parmchk.

Here is an example:
(1) cp $AMBERHOME/test/antechamber/sustiva/sustiva.mol2 .
(2) atomtype -i sustiva.mol2 -o sustiva.ac -f mol2 -p amber
(3) parmchk -i sustiva.ac -o sustiva.frcmod -f ac -p parm99sb_gaff.dat
(4) parmchk -i sustiva.ac -o sustiva.frcmod2 -f ac -p parm99sb_gaff.dat -a Y
(5) antechamber -fi ac -fo mol2 -j 0 -i sustiva.ac -o sustiva.mol2

Now prepare the leap input
loadamberparams parm99sb_gaff.dat
mymol=loadmol2 sustiva.mol2
loadamberparams sustiva.frcmod
saveamberparm mymol sustiva.prmtop sustiva.prmcrd
quit

As you can see, sustiva.frcmod only has the missing parameters and
sustiva.frcmod2 has all the force field parameters.

I also attached the combined force field parameter file parm99sb_gaff.dat
for your convenience.

Best regards

Junmei

On Thu, Oct 22, 2009 at 6:59 AM, Jason Swails <jason.swails_at_gmail.com>wrote:

> Pang,
> Francois's suggestion should certainly work.  However, it looks like you're
> filling in ff99/ff94 parameters using gaff, so it's naming all of the atoms
> for ff99/ff94 (upper-case letters), but it's pulling the parameters from
> gaff.dat (lower-case letters).  Another thing you can do is use the '-a'
> flag when you actually run parmchk.  This will cause parmchk to print out
> ALL parameters to the frcmod file that you'e creating.
>
> Good luck!
> Jason
>
> On Thu, Oct 22, 2009 at 5:37 AM, FyD <fyd_at_q4md-forcefieldtools.org> wrote:
>
> > Dear Pang xueqin,
> >
> > You could follow two different approaches for your organic structure:
> >
> > 1) You use parm99 FF atom types (with capital letters): you need to load
> > the "parm99.dat" file in LEaP to load all the required FF parameters.
> >
> > source leaprc.ff99SB
> > MOL = loadmol2 YOUR-MOL.mol2
> > saveamberparm MOL MOL.top MOL.crd
> >
> > => LEaP will not save the prmtop/prmcrd files - if missing FF parameters
> > are found, but LEaP will list the missing force field parameters.
> > For instance, you have the CA-HA FF parameters describing the CA-HA bond
> in
> > your frcmod file: This "CA-HA" FF parameters should be in parm99.dat; you
> > should not need to add them in your frcmod file.
> >
> > Then, you create a frcmod file with these missing FF parameters (if LEaP
> > detects missing FF parameters) that you load in a second step:
> >
> > source leaprc.ff99SB
> > FRCMOD = loadamberparams your-frcmod-file
> > MOL = loadmol2 YOUR-MOL.mol2
> > saveamberparm MOL MOL.top MOL.crd
> >
> >
> > 2) You use GAFF FF atom types: you need to use low case FF atom types.
> >
> > Finally, a mol2 file can be used as a prep file: You should not need to
> > create prep file.
> >
> > I hope this helps.
> >
> > regards, Francois
> >
> >
> >
> >  I am trying to get a prep field for an organic molecular  C16H15N7O2,.
> >> with RED-III according to its tutorial. How every after  parmchk, the
> frcmod
> >> give too many undefined parameter.
> >> So, can the prep and frcmod field be used, if not how  can I solve  this
> >> problem.
> >>
> >> Thank you for your kind help
> >>
> >> Pang xueqin
> >>
> >> Dalian ICP ACS CHINA
> >>
> >> Following are the frcmod for this molecular:
> >> remark goes here
> >> MASS
> >> CA 12.010        0.360               same as c2
> >> HA 1.008         0.135               same as hc
> >> OH 16.000        0.465               same as oh
> >> HO 1.008         0.135               same as ho
> >> CT 12.010        0.878               same as c3
> >> HC 1.008         0.135               same as hc
> >> H1 1.008         0.135               same as hc
> >> N2 14.010        0.530               same as n3
> >> H  1.008         0.161               same as hn
> >> CB 12.010        0.360               same as c2
> >> NA 14.010        0.530               same as na
> >> CR 12.010        0.360               same as c2
> >> C* 12.010        0.360               same as c2
> >> H4 1.008         0.135               same as ha
> >> OS 16.000        0.465               same as os
> >> BOND
> >> CA-HA  344.30   1.087       same as c2-hc
> >> CA-CA  478.40   1.387       same as ca-ca
> >> CA-OH  425.40   1.333       same as c2-oh
> >> OH-HO  369.60   0.974       same as ho-oh
> >> CA-CT  328.30   1.508       same as c2-c3
> >> CT-HC  337.30   1.092       same as c3-hc
> >> CT-CT  303.10   1.535       same as c3-c3
> >> CT-H1  337.30   1.092       same as c3-hc
> >> CT-N2  320.60   1.470       same as c3-n3
> >> N2-H   394.10   1.018       same as hn-n3
> >> N2-CA  449.00   1.364       same as ca-nh
> >> N2-CB  449.00   1.364       same as cc-nh
> >> N2-CR  449.00   1.364       same as cc-nh
> >> N2-NA  426.70   1.420       same as n3-na
> >> NA-H   406.60   1.011       same as hn-na
> >> NA-CR  411.10   1.391       same as c2-na
> >> CR-C*  418.30   1.429       same as cc-cc
> >> C*-C*  418.30   1.429       same as cc-cc
> >> C*-OS  392.60   1.357       same as c2-os
> >> C*-HA  344.30   1.087       same as c2-hc
> >> C*-CA  411.70   1.434       same as ca-cc
> >> CA-H4  344.30   1.087       same as c2-ha
> >> CA-OS  392.60   1.357       same as c2-os
> >> ANGLE
> >> CA-CA-HA   50.300     119.700   same as c2-c2-hc
> >> CA-CA-CA   67.200     119.970   same as ca-ca-ca
> >> CA-CA-CT   64.300     123.420   same as c2-c2-c3
> >> CA-CA-OH   71.600     122.280   same as c2-c2-oh
> >> CA-OH-HO   49.900     108.980   same as c2-oh-ho
> >> CA-CT-HC   47.000     110.490   same as c2-c3-hc
> >> CA-CT-CT   63.700     110.960   same as c2-c3-c3
> >> CT-CT-H1   46.400     110.050   same as c3-c3-hc
> >> CT-CT-N2   66.200     110.380   same as c3-c3-n3
> >> HC-CT-HC   39.400     108.350   same as hc-c3-hc
> >> HC-CT-CT   46.400     110.050   same as c3-c3-hc
> >> CT-N2-H    47.100     109.920   same as c3-n3-hn
> >> CT-N2-CA   62.820     117.790   Calculated with empirical approach
> >> H1-CT-H1   39.400     108.350   same as hc-c3-hc
> >> H1-CT-N2   49.400     109.800   same as hc-c3-n3
> >> N2-CA-N2   71.400     120.980   same as nh-ca-nh
> >> H -N2-CA   49.100     119.380   same as c2-n3-hn
> >> CA-N2-CA   64.300     127.460   same as ca-nh-ca
> >> CA-N2-CB   66.200     124.680   same as c2-n3-c2
> >> CA-N2-NA   66.760     118.340   Calculated with empirical approach
> >> H -N2-H    41.300     107.130   same as hn-n3-hn
> >> N2-CB-N2   72.900     115.960   same as nh-cc-nh
> >> H -N2-CB   49.100     119.380   same as c2-n3-hn
> >> CB-N2-CR   66.200     124.680   same as c2-n3-c2
> >> CB-N2-NA   66.760     118.340   Calculated with empirical approach
> >> N2-CR-NA   73.125     113.900   Calculated with empirical approach
> >> N2-CR-C*   68.600     118.980   same as cc-cc-nh
> >> H -N2-CR   49.100     119.380   same as c2-n3-hn
> >> N2-NA-H    36.098     120.400   Calculated with empirical approach
> >> N2-NA-CR   64.600     124.800   same as c2-na-n3
> >> NA-CR-C*   69.800     121.380   same as c2-c2-na
> >> H -NA-CR   47.600     119.280   same as c2-na-hn
> >> CR-C*-C*   67.900     110.700   same as cc-cc-cc
> >> CR-C*-OS   71.200     121.430   same as c2-c2-os
> >> C*-C*-HA   50.300     119.700   same as c2-c2-hc
> >> C*-C*-C*   67.900     110.700   same as cc-cc-cc
> >> C*-OS-CA   66.000     113.140   same as c2-os-c2
> >> C*-C*-OS   71.200     121.430   same as c2-c2-os
> >> C*-C*-CA   67.700     111.040   same as ca-cc-cc
> >> C*-CA-H4   50.000     120.940   same as c2-c2-ha
> >> C*-CA-OS   71.200     121.430   same as c2-c2-os
> >> HA-C*-CA   50.300     119.700   same as c2-c2-hc
> >> H4-CA-OS   52.400     112.690   same as ha-c2-os
> >> DIHE
> >> CA-CA-CA-OH   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CA-CA-CA-CA   1    3.625       180.000           2.000      same as  X
> >> -ca-ca-X
> >> CA-CA-CA-HA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CA-CA-CT-HC   1    0.380       180.000          -3.000      same as
> >>  hc-c3-c2-c2
> >> CA-CA-CT-HC   1    1.150         0.000           1.000      same as
> >>  hc-c3-c2-c2
> >> CA-CA-CT-CT   1    0.000         0.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c3-X
> >> HA-CA-CA-HA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-CA-CA-CT   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CA-CA-CA-CT   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CA-CA-OH-HO   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-oh-X
> >> HA-CA-CA-OH   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CA-CT-CT-H1   1    0.156         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-c3-X
> >> CA-CT-CT-N2   1    0.156         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-c3-X
> >> CT-CT-N2-H    1    0.300         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-n3-X
> >> CT-CT-N2-CA   1    0.300         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-n3-X
> >> HC-CT-CT-H1   1    0.150         0.000           3.000      same as
> >>  hc-c3-c3-hc
> >> HC-CT-CT-N2   1    0.156         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-c3-X
> >> CT-N2-CA-N2   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> H1-CT-N2-H    1    0.300         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-n3-X
> >> H1-CT-N2-CA   1    0.300         0.000           3.000      same as  X
> >> -c3-n3-X
> >> N2-CA-N2-H    1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> N2-CA-N2-CA   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -ca-nh-X
> >> N2-CA-N2-CB   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -ca-nh-X
> >> CA-N2-CB-N2   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-nh-X
> >> N2-CA-N2-NA   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> CA-N2-NA-H    1    1.600         0.000           2.000      same as  X
> >> -n3-na-X
> >> CA-N2-NA-CR   1    1.600         0.000           2.000      same as  X
> >> -n3-na-X
> >> N2-CB-N2-H    1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> N2-CB-N2-CR   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-nh-X
> >> N2-CB-N2-NA   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> CB-N2-CR-NA   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> CB-N2-CR-C*   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-nh-X
> >> CB-N2-NA-H    1    1.600         0.000           2.000      same as  X
> >> -n3-na-X
> >> CB-N2-NA-CR   1    1.600         0.000           2.000      same as  X
> >> -n3-na-X
> >> N2-CR-NA-N2   1    0.625       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-na-X
> >> N2-CR-NA-H    1    0.625       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-na-X
> >> N2-CR-C*-C*   1    4.000       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-cc-X
> >> N2-CR-C*-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> H -N2-CR-NA   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> H -N2-CR-C*   1    0.300       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-n3-X
> >> N2-NA-CR-C*   1    0.625       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-na-X
> >> NA-CR-C*-C*   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> NA-CR-C*-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> H -NA-CR-C*   1    0.625       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-na-X
> >> CR-C*-C*-HA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> CR-C*-C*-C*   1    4.000       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-cc-X
> >> CR-C*-OS-CA   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-os-X
> >> C*-C*-C*-HA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> C*-C*-C*-CA   1    4.000       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-cc-X
> >> C*-OS-CA-C*   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-os-X
> >> C*-OS-CA-H4   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-os-X
> >> C*-C*-OS-CA   1    1.050       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-os-X
> >> C*-C*-CA-H4   1    4.000       180.000           2.000      same as  X
> >> -cc-cc-X
> >> C*-C*-CA-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-C*-C*-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-C*-C*-HA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-C*-C*-CA   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> C*-C*-C*-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-C*-CA-H4   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> HA-C*-CA-OS   1    6.650       180.000           2.000      same as  X
> >> -c2-c2-X
> >> IMPROPER
> >> CA-CA-CA-HA         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CA-CA-OH         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CA-CA-CT         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CT-N2-H          1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> N2-N2-CA-N2         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CA-N2-H          1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-H -N2-H          1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CB-N2-H          1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> N2-N2-CB-N2         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CB-CR-N2-H          1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CA-CB-N2-NA         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> CR-H -NA-N2         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> C*-N2-CR-NA         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> C*-CR-C*-OS         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> C*-C*-C*-HA         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> C*-CA-C*-HA         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> C*-H4-CA-OS         1.1          180.0         2.0          Using
>  default
> >> value
> >> NONBON
> >>   CA          1.9080  0.0860             same as ca
> >>   HA          1.4870  0.0157             same as hc
> >>   OH          1.7210  0.2104             same as oh
> >>   HO          0.0000  0.0000             same as ho
> >>   CT          1.9080  0.1094             same as c3
> >>   HC          1.4870  0.0157             same as hc
> >>   H1          1.4870  0.0157             same as hc
> >>   N2          1.8240  0.1700             same as nh
> >>   H           0.6000  0.0157             same as hn
> >>   CB          1.9080  0.0860             same as cc
> >>   NA          1.8240  0.1700             same as na
> >>   CR          1.9080  0.0860             same as cc
> >>   C*          1.9080  0.0860             same as cc
> >>   H4          1.4870  0.0157             same as hc
> >>   OS          1.6837  0.1700             same as os
> >>
> >
> >
> >
> > _______________________________________________
> > AMBER mailing list
> > AMBER_at_ambermd.org
> > http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
> >
>
>
>
> --
> ---------------------------------------
> Jason M. Swails
> Quantum Theory Project,
> University of Florida
> Ph.D. Graduate Student
> 352-392-4032
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER_at_ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>

-----下面为附件内容-----

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber

      ___________________________________________________________
  好玩贺卡等你发,邮箱贺卡全新上线!
http://card.mail.cn.yahoo.com/
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber