#!/bin/sh

files=`ls ../../monrmd.f36g0??.xyz`

for file in $files
do
   input=`echo $file | sed -e 's/\.\.\/\.\.\/monrmd\.//'`
   input=`echo $input | sed -e 's/\..*$//'`

#   ambpdb -p ../../prmtop.leap91 \
#         < ../../monrmd.$input.xyz | amb2iupac > monrmd.$input.iupac.pdb
   ambpdb -p ../../prmtop.leap91 \
         < ../../monrmd.$input.xyz > monrmd.$input.pdb
   amb2iupac monrmd.$input.pdb > monrmd.$input.iupac.pdb
 rm monrmd.$input.pdb
done