AMBER Archive (2009)

Subject: [AMBER] PQR file - HELP PLEASE

From: s. Bill (s_bill36_at_yahoo.co.uk)
Date: Tue Dec 22 2009 - 06:57:48 CST

Dear AMBER
I run MM-PBSA on one protien containing Zn ion. During the PQR file generation the process stop, I do know becuase there is no radius of Zn ion defined in PQR.
I want just to ask about the PQR file:
the second last and last column are charge and radius, respectivly, aren't they?
ok, why charge here in my file is zero?
and what kind of radius is this one, in which carbon is 3.1 A?

ATOM      1 N    PHE     1      -4.410  16.750  -3.770  0.00  2.95
ATOM      2 H1   PHE     1      -5.370  17.020  -3.680  0.00  2.60
ATOM      3 H2   PHE     1      -4.250  16.230  -4.630  0.00  2.60
ATOM      4 H2   PHE     1      -3.760  17.520  -3.830  0.00  2.60
ATOM      5 CA   PHE     1      -3.940  15.790  -2.780  0.00  3.10
ATOM      6 HA   PHE     1      -4.490  14.870  -2.990  0.00  2.60
ATOM      7 CB   PHE     1      -2.370  15.430  -2.880  0.00  3.10
ATOM      8 HB2  PHE     1      -2.210  14.600  -2.200  0.00  2.60
ATOM      9 HB3  PHE     1      -2.280  15.060  -3.900  0.00  2.60
ATOM     10 CG   PHE     1      -1.250  16.460  -2.560  0.00  3.10
ATOM     11 CD1  PHE     1      -1.150  16.760  -1.170  0.00  3.10
ATOM     12 HD1  PHE     1      -1.710  16.210  -0.430  0.00  2.60
ATOM     13 CE1  PHE     1      -0.310  17.810  -0.780  0.00  3.10
ATOM     14 HE1  PHE     1      -0.200  18.050   0.270  0.00  2.60
ATOM     15 CZ   PHE     1       0.450  18.560  -1.700  0.00  3.10
ATOM     16 HZ   PHE     1       1.050  19.390  -1.340  0.00  2.60
ATOM     17 CE2  PHE     1       0.310  18.280  -3.090  0.00  3.10
ATOM     18 HE2  PHE     1       0.710  18.860  -3.910  0.00  2.60
ATOM     19 CD2  PHE     1      -0.590  17.220  -3.510  0.00  3.10
ATOM     20 HD2  PHE     1      -0.880  17.150  -4.550  0.00  2.60
ATOM     21 C    PHE     1      -4.310  16.250  -1.370  0.00  3.10
ATOM     22 O    PHE     1      -4.550  17.460  -1.150  0.00  2.90

Help needed.
Thanks in advance
S. Bill

      
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber