AMBER Archive (2009)

Subject: Re: [AMBER] Installation issue

From: Ashveen Seenauth (ash2206_at_gmail.com)
Date: Wed Sep 23 2009 - 10:28:55 CDT

Hi guys,
I tried it without space between my name and it is still giving me
this error message;

a - dorm2l.o
ranlib lapack.a
mv lapack.a /lib
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/clapack'
(cd cblas && make install )
make[1]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/cblas'
Makefile:7: warning: overriding commands for target `.c.o'
../config.h:99: warning: ignoring old commands for target `.c.o'
gcc -c -O3 -m32 -o dasum.o dasum.c
gcc -c -O3 -m32 -o daxpy.o daxpy.c
gcc -c -O3 -m32 -o dcopy.o dcopy.c
gcc -c -O3 -m32 -o ddot.o ddot.c
gcc -c -O3 -m32 -o dgbmv.o dgbmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dgemm.o dgemm.c
gcc -c -O3 -m32 -o dgemv.o dgemv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dger.o dger.c
gcc -c -O3 -m32 -o dnrm2.o dnrm2.c
gcc -c -O3 -m32 -o drot.o drot.c
gcc -c -O3 -m32 -o drotg.o drotg.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsbmv.o dsbmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dscal.o dscal.c
gcc -c -O3 -m32 -o dspmv.o dspmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dspr.o dspr.c
gcc -c -O3 -m32 -o dspr2.o dspr2.c
gcc -c -O3 -m32 -o dswap.o dswap.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsymm.o dsymm.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsymv.o dsymv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsyr.o dsyr.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsyr2.o dsyr2.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsyr2k.o dsyr2k.c
gcc -c -O3 -m32 -o dsyrk.o dsyrk.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtbmv.o dtbmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtbsv.o dtbsv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtpmv.o dtpmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtpsv.o dtpsv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtrmm.o dtrmm.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtrmv.o dtrmv.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtrsm.o dtrsm.c
gcc -c -O3 -m32 -o dtrsv.o dtrsv.c
gcc -c -O3 -m32 -o idamax.o idamax.c
gcc -c -O3 -m32 -o lsame.o lsame.c
gcc -c -O3 -m32 -o xerbla.o xerbla.c
ar rv blas.a dasum.o daxpy.o dcopy.o ddot.o dgbmv.o dgemm.o dgemv.o dger.o dnrm2
.o drot.o drotg.o dsbmv.o dscal.o dspmv.o dspr.o dspr2.o dswap.o dsymm.o dsymv.o
 dsyr.o dsyr2.o dsyr2k.o dsyrk.o dtbmv.o dtbsv.o dtpmv.o dtpsv.o dtrmm.o dtrmv.o
 dtrsm.o dtrsv.o idamax.o lsame.o xerbla.o
ar: creating blas.a
a - dasum.o
a - daxpy.o
a - dcopy.o
a - ddot.o
a - dgbmv.o
a - dgemm.o
a - dgemv.o
a - dger.o
a - dnrm2.o
a - drot.o
a - drotg.o
a - dsbmv.o
a - dscal.o
a - dspmv.o
a - dspr.o
a - dspr2.o
a - dswap.o
a - dsymm.o
a - dsymv.o
a - dsyr.o
a - dsyr2.o
a - dsyr2k.o
a - dsyrk.o
a - dtbmv.o
a - dtbsv.o
a - dtpmv.o
a - dtpsv.o
a - dtrmm.o
a - dtrmv.o
a - dtrsm.o
a - dtrsv.o
a - idamax.o
a - lsame.o
a - xerbla.o
ranlib blas.a
mv blas.a /lib
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/cblas'
(cd f2c && make install )
make[1]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/f2c'
Makefile:7: warning: overriding commands for target `.c.o'
../config.h:99: warning: ignoring old commands for target `.c.o'
gcc -c -O3 -m32 -o abort_.o abort_.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_atan.o d_atan.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_cosh.o d_cosh.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_int.o d_int.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_nint.o d_nint.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_sinh.o d_sinh.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_abs.o d_abs.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_atn2.o d_atn2.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_dim.o d_dim.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_lg10.o d_lg10.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_prod.o d_prod.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_sqrt.o d_sqrt.c
gcc -c -O3 -m32 -o exit_.o exit_.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_acos.o d_acos.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_exp.o d_exp.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_log.o d_log.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_sign.o d_sign.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_tan.o d_tan.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_asin.o d_asin.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_cos.o d_cos.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_mod.o d_mod.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_sin.o d_sin.c
gcc -c -O3 -m32 -o d_tanh.o d_tanh.c
gcc -c -O3 -m32 -o wsfe.o wsfe.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_cmp.o s_cmp.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_copy.o s_copy.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_paus.o s_paus.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_rnge.o s_rnge.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_stop.o s_stop.c
gcc -c -O3 -m32 -o wsle.o wsle.c
gcc -c -O3 -m32 -o xwsne.o xwsne.c
gcc -c -O3 -m32 -o util.o util.c
gcc -c -O3 -m32 -o wref.o wref.c
gcc -c -O3 -m32 -o wrtfmt.o wrtfmt.c
gcc -c -O3 -m32 -o rsne.o rsne.c
gcc -c -O3 -m32 -o sfe.o sfe.c
gcc -c -O3 -m32 -o sue.o sue.c
gcc -c -O3 -m32 -o uio.o uio.c
gcc -c -O3 -m32 -o open.o open.c
gcc -c -O3 -m32 -o rdfmt.o rdfmt.c
gcc -c -O3 -m32 -o rewind.o rewind.c
gcc -c -O3 -m32 -o rsfe.o rsfe.c
gcc -c -O3 -m32 -o rsli.o rsli.c
gcc -c -O3 -m32 -o ilnw.o ilnw.c
gcc -c -O3 -m32 -o inquire.o inquire.c
gcc -c -O3 -m32 -o lread.o lread.c
gcc -c -O3 -m32 -o fmtlib.o fmtlib.c
gcc -c -O3 -m32 -o ftell_.o ftell_.c
gcc -c -O3 -m32 -o iio.o iio.c
gcc -c -O3 -m32 -o err.o err.c
gcc -c -O3 -m32 -o close.o close.c
gcc -c -O3 -m32 -o dfe.o dfe.c
gcc -c -O3 -m32 -o dolio.o dolio.c
gcc -c -O3 -m32 -o due.o due.c
gcc -c -O3 -m32 -o endfile.o endfile.c
gcc -c -O3 -m32 -o backspace.o backspace.c
gcc -c -O3 -m32 -o fmt.o fmt.c
gcc -c -O3 -m32 -o sig_die.o sig_die.c
gcc -c -O3 -m32 -o pow_dd.o pow_dd.c
gcc -c -O3 -m32 -o pow_di.o pow_di.c
gcc -c -O3 -m32 -o pow_ii.o pow_ii.c
gcc -c -O3 -m32 -o lwrite.o lwrite.c
gcc -c -O3 -m32 -o i_len.o i_len.c
gcc -c -O3 -m32 -o s_cat.o s_cat.c
gcc -c -O3 -m32 -o F77_aloc.o F77_aloc.c
gcc -c -O3 -m32 -o wsne.o wsne.c
gcc -c -O3 -m32 -o typesize.o typesize.c
ar rv f2c.a abort_.o d_atan.o d_cosh.o d_int.o d_nint.o d_sinh.o d_abs.o
 d_atn2.o d_dim.o d_lg10.o d_prod.o d_sqrt.o exit_.o d_acos.o d_exp.o d
_log.o d_sign.o d_tan.o d_asin.o d_cos.o d_mod.o d_sin.o d_tanh.o wsfe
.o s_cmp.o s_copy.o s_paus.o s_rnge.o s_stop.o wsle.o xwsne.o util.o wref.o wrtf
mt.o rsne.o sfe.o sue.o uio.o open.o rdfmt.o rewind.o rsfe.o rsli.o ilnw.o inqui
re.o lread.o fmtlib.o ftell_.o iio.o err.o close.o dfe.o dolio.o due.o endfile.o
 backspace.o fmt.o sig_die.o pow_dd.o pow_di.o pow_ii.o lwrite.o i_len.o s_cat.o
 F77_aloc.o wsne.o typesize.o
ar: creating f2c.a
a - abort_.o
a - d_atan.o
a - d_cosh.o
a - d_int.o
a - d_nint.o
a - d_sinh.o
a - d_abs.o
a - d_atn2.o
a - d_dim.o
a - d_lg10.o
a - d_prod.o
a - d_sqrt.o
a - exit_.o
a - d_acos.o
a - d_exp.o
a - d_log.o
a - d_sign.o
a - d_tan.o
a - d_asin.o
a - d_cos.o
a - d_mod.o
a - d_sin.o
a - d_tanh.o
a - wsfe.o
a - s_cmp.o
a - s_copy.o
a - s_paus.o
a - s_rnge.o
a - s_stop.o
a - wsle.o
a - xwsne.o
a - util.o
a - wref.o
a - wrtfmt.o
a - rsne.o
a - sfe.o
a - sue.o
a - uio.o
a - open.o
a - rdfmt.o
a - rewind.o
a - rsfe.o
a - rsli.o
a - ilnw.o
a - inquire.o
a - lread.o
a - fmtlib.o
a - ftell_.o
a - iio.o
a - err.o
a - close.o
a - dfe.o
a - dolio.o
a - due.o
a - endfile.o
a - backspace.o
a - fmt.o
a - sig_die.o
a - pow_dd.o
a - pow_di.o
a - pow_ii.o
a - lwrite.o
a - i_len.o
a - s_cat.o
a - F77_aloc.o
a - wsne.o
a - typesize.o
ranlib f2c.a
mv f2c.a /lib
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/f2c'
(cd c9x-complex && make libmc.a )
make[1]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/c9x-complex'
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o cmplx.o cmplx.c
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o clog.o clog.c
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o cgamma.o cgamma.c
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o stubs.o stubs.c
rm -f libmc.a
ar rv libmc.a cmplx.o clog.o cgamma.o stubs.o
ar: creating libmc.a
a - cmplx.o
a - clog.o
a - cgamma.o
a - stubs.o
ranlib libmc.a
mv libmc.a /lib
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/c9x-complex'
(cd cifparse && make install )
make[1]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/cifparse'
Makefile:7: warning: overriding commands for target `.c.o'
../config.h:99: warning: ignoring old commands for target `.c.o'
flex -t cifparse.l | sed 's/yy/cifp/g' > lex.cif.c
/bin/yacc -v -d cifparse.y
sed 's/yy/cifp/g' < y.tab.c > cifp.tab.c
sed 's/yy/cifp/g' < y.tab.h > cifp.tab.h
rm y.tab.c y.tab.h
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX lex.cif.c
cifparse.l: In function `delete_punctuation':
cifparse.l:274: warning: assignment makes integer from pointer without a cast
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -Dflex cifp.tab.c
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX cifparse.c
rm -f cifparse.a
ar rv cifparse.a lex.cif.o cifp.tab.o cifparse.o
ar: creating cifparse.a
a - lex.cif.o
a - cifp.tab.o
a - cifparse.o
ranlib cifparse.a
mv cifparse.a /lib
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/cifparse'
(cd nab && make install )
make[1]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/nab'
gcc -DBINDIR='"."' -DINCDIR='"."' -DLIBDIR='"."' -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX \
                -DCC='"gcc"' -DCPP='"/bin/ucpp -l"' -DFLIBS='"/lib/libsym.a /lib
/arpack.a /lib/lapack.a /lib/blas.a /lib/f2c.a /lib/libmc.a"' -o nab nab.c
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o nab2c.o nab2c.c
flex nablex.l
/bin/yacc -d nabgrm.y
nabgrm.y:325.19-331.31: warning: type clash on default action: <npval> != <ival>

nabgrm.y:403.19-407.65: warning: unused value: $6
nabgrm.y:427.19-431.65: warning: unused value: $6
conflicts: 3 shift/reduce
gcc -c -DUSE_AMBER_C9XCOMPLEX -o cgen.o cgen.c
(cd ../semantics; make)
make[2]: Entering directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/semantics'
gcc -DDATDIR='"/dat"' -o parse parse.c
./parse *.rules
./parse: can't read symbol file /dat/../src/nab/y.tab.h
make[2]: *** [checkexpr.c] Error 1
make[2]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/semantics'
make[1]: *** [checkexpr.c] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/Ashveen Seenauth/amber10/src/nab'
make: *** [install] Error 2

Ashveen Seenauth_at_hell-6176c4a0c2 ~/amber10/src
$

Can anyone help me on this please. I badly need this program for my thesis.

Thanks,
Ashveen

On Tue, Sep 22, 2009 at 1:28 PM, Bill Ross <ross_at_cgl.ucsf.edu> wrote:
>> I tried my name without space,
>
> Make sure that no dir in the path to amber has a space:
>
>  /a/b c/amber
>
> will likely not work.
>
> Bill
>
> _______________________________________________
> AMBER mailing list
> AMBER_at_ambermd.org
> http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber
>

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber