AMBER Archive (2009)

Subject: [AMBER] Trouble saving amberparm files

From: Alison Saunders (alison.m.saunders_at_gmail.com)
Date: Mon Jul 13 2009 - 12:07:28 CDT

Hello,

Here is part of my pdb file:

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ATOM 286 HN ALA 19 22.925 58.372 38.908 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 287 HA ALA 19 22.978 59.995 36.477 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 288 1HB ALA 19 21.028 57.628 36.876 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 289 2HB ALA 19 22.118 57.633 35.443 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 290 3HB ALA 19 20.910 58.875 35.654 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 291 N ILE 20 21.247 61.466 37.477 1.00 25.75
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 292 CA ILE 20 20.299 62.404 38.032 1.00 24.38
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 293 C ILE 20 19.344 62.848 36.902 1.00 24.35
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 294 O ILE 20 19.815 63.372 35.891 1.00 22.46
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 295 CB ILE 20 20.954 63.677 38.605 1.00 24.04
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 296 CG1 ILE 20 21.864 63.307 39.789 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 297 CG2 ILE 20 19.838 64.604 39.070 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 298 CD1 ILE 20 22.530 64.466 40.484 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 299 HN ILE 20 22.009 61.851 36.938 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 300 HA ILE 20 19.715 61.858 38.759 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 301 HB ILE 20 21.606 64.166 37.841 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 302 1HG1 ILE 20 22.349 62.333 39.601 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 303 2HG1 ILE 20 21.115 62.994 40.550 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 304 1HG2 ILE 20 19.370 64.233 40.008 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 305 2HG2 ILE 20 18.945 64.241 38.510 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 306 3HG2 ILE 20 20.050 65.679 39.247 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 307 1HD1 ILE 20 21.805 65.295 40.633 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 308 2HD1 ILE 20 23.394 64.679 39.812 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l
ATOM 309 3HD1 ILE 20 22.903 64.134 41.475 1.00 0.00
CPEBQ1_scap_loopy_l

I added Na+ ions in xleap to neautralize it, and I used solvatebox to put it
in water. My trouble comes when I try to saveamberparm. I get the errors:

FATAL: Atom .R<NMET 0>.A<HN 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<NMET 0>.A<HB1 21> does not have a type.
FATAL: Atom .R<NMET 0>.A<HG1 22> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 1>.A<HN 18> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 1>.A<HB1 19> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 1>.A<HG1 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ALA 2>.A<HN 11> does not have a type.
FATAL: Atom .R<MET 3>.A<HN 18> does not have a type.
FATAL: Atom .R<MET 3>.A<HB1 19> does not have a type.
FATAL: Atom .R<MET 3>.A<HG1 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ILE 4>.A<HN 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ILE 4>.A<HG11 21> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ALA 5>.A<HN 11> does not have a type.
FATAL: Atom .R<VAL 6>.A<HN 17> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ALA 7>.A<HN 11> does not have a type.
FATAL: Atom .R<SER 8>.A<HN 12> does not have a type.
FATAL: Atom .R<SER 8>.A<HB1 13> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 9>.A<HN 18> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 9>.A<HB1 19> does not have a type.
FATAL: Atom .R<GLN 9>.A<HG1 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ILE 10>.A<HN 20> does not have a type.
FATAL: Atom .R<ILE 10>.A<HG11 21> does not have a type.
FATAL: Atom .R<SER 11>.A<HN 12> does not have a type.
FATAL: Atom .R<SER 11>.A<HB1 13> does not have a type.
FATAL: Atom .R<PRO 12>.A<HB1 15> does not have a type.

etc. etc.

Any ideas on how to fix this problem?

Thanks!
Alison Saunders
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