AMBER Archive (2009)

Subject: [AMBER] prmtop residue format

From: taufik.alsarraj_at_utoronto.ca
Date: Tue Apr 07 2009 - 15:04:25 CDT

Hi,
I am using top2mol2 to convert amber files *.prmtop (*.inpcrd or
*.rst) to create mol2 files. I notice that my residue names are
changing every time i do this.
In the original mol2 file, the residues are Sur, Smcc, A5 DT DT etc
after salvation with xleap and a minimization with sander i use
top2mol2 to create a new mol2 file. I found the reason why my residue
names are changing is because in *.prmtop file only three characters
are used for residues. prmtop also adds a number to every residue. so
Sur becomes ur1 then ur1 becomes r11 and so on.
can i control this? or do i have to modify the mol2 files with a script?

my work consist of taking a mol2 file to create prmtop and inpcrd files
run an igb minimization and create a mol2 from prmtop and rst files
take the second mol2 and solvate in xleap, create new prmtop and inpcrd files
run 2nd minimization and create a mol2 file from prmtop and rst files
view the new mol2 file

thank you,
Taufik

%FLAG RESIDUE_LABEL
%FORMAT(20a4)
ur1 MC2 A53 DT4 DT5 DT6 DT7 DG8 DT9 C10 T11 G12 A13 A14 A15 C16 C17
C18 T19 G20
321 +22 +23 +24 +25 +26 +27 +28 +29 +30 +31 +32 +33 +34 +35 +36 +37
+38 +39 WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT
WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT
WAT WAT WAT

_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber