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AMBER Archive (2006)
Subject: Re: AMBER: sander restart problem
From: Melinda Layten (mlayten_at_gmail.com)
Date: Mon Mar 06 2006 - 11:35:01 CST
- Next message: David A. Case: "Re: AMBER: How to patch the configure script (macosx)"
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- In reply to: Vlad Cojocaru: "AMBER: sander restart problem"
- Messages sorted by: [ date ] [ thread ] [ subject ] [ author ]
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On 3/5/06, Vlad Cojocaru <Vlad.Cojocaru_at_eml-r.villa-bosch.de> wrote:
>
> Dear Amber users,
> I am experiencing a strange problem when trying to restart sander.
> First, my job crashes with the error-1 below. I assumed that it has
> something to do with the mpich libs ... and I tried to restart. However,
> when I tried restarting I got the error-2 message. I checked the VOLUME
> during the run before restarting and it looks constant (see attached data
> file). I also checked the structure and it also looks fine. The simulation
> is a standard MD with periodic boundary condition (truncated octhaedron
> box), ct temp, ct press (see sander input below).
> I also checked the Amber list before .. and I found some similar error
> messages but none seemed to have the exact behavior that I experienced (hope
> I did not overlooked something) .. So, I was wondering if somebody can give
> me a hint of this ... I also have to say that there are no hints (no error
> messages) in the sander outputs ...
>
> Thanks
> vlad
>
> *error-1:*
> bm_list_18777: (647822.930170) wakeup_slave: unable to interrupt slave 0
> pid 18776
> p1_18783: (647822.313828) net_recv failed for fd = 3
> p1_18783: p4_error: net_recv read, errno = : 104
>
> Input/Output Error 176: Input/output error
>
> In Procedure: mdwrit
> At Line: 226
>
> Statement: CLOSE
> Unit: 16
> Connected To: 1R9O-FLU-M1W_mdprd02.rst
> Form: Formatted
> Access: Sequential
> Records Read : 0
> Records Written: 64279
>
> End of diagnostics
>
> /usr/lib/mpich/bin/mpirun: line 1: 18776 Aborted
>
> *error-2
> * SANDER BOMB in subroutine nonbond_list
> p0_5738: p4_error: : 1
> volume of ucell too big, too many subcells
> list grid memory needs to be reallocated, restart sander*
>
> sander input
> * &cntrl
> imin=0, ntx=5, irest=1, ntrx=1, ntxo=1,
> ntpr=100, ntwx=500, ntwv=500, ntwe=500,
> ntf=2, ntb=2, dielc=1.0, cut=9.0, scnb=2.0, scee=1.2,
> nsnb=100, igb=0,
> ntr=0,
> nstlim=500000,
> t=100.0, dt=0.002,
> ntt=1, tautp=5.0, tempi=300.0, temp0=300.0,
> vlimit=15,
> ntp=1, pres0=1.0, taup=2.0,
> ntc=2, tol=0.00001,
> /
> *
> *
>
> --
> Dr. Vlad Cojocaru
> EML Research gGmbH
> Molecular and Cellular Modeling Group
> Schloss-Wolfsbrunnenweg 33
> 69118 Heidelberg, Germany
> Phone: +49-6221-533266
> Fax: +49-6221-533298
> e-mail: Vlad.Cojocaru_at_eml-r.villa-bosch.dehttp://projects.villa-bosch.de/mcm/people/cojocaru/
>
>
> 1116.200 641906.3941
> 1116.400 641859.7799
> 1116.600 641585.7152
> 1116.800 641727.9367
> 1117.000 642033.9794
> 1117.200 641970.3173
> 1117.400 642125.5783
> 1117.600 642115.1809
> 1117.800 642086.0019
> 1118.000 642111.6800
> 1118.200 642205.6247
> 1118.400 642032.8091
> 1118.600 641991.6478
> 1118.800 642014.4681
> 1119.000 641926.1940
> 1119.200 641976.8638
> 1119.400 642104.9153
> 1119.600 642287.4317
> 1119.800 642157.2106
> 1120.000 642378.0889
> 1120.200 642290.2246
> 1120.400 642364.0001
> 1120.600 642666.1751
> 1120.800 642539.4144
> 1121.000 642627.1199
> 1121.200 642577.2845
> 1121.400 642378.0849
> 1121.600 642352.0286
> 1121.800 642076.2328
> 1122.000 641868.9907
> 1122.200 641714.9179
> 1122.400 641912.4821
> 1122.600 641904.9762
> 1122.800 641925.7482
> 1123.000 641882.5862
> 1123.200 641542.3957
> 1123.400 641197.2502
> 1123.600 641354.1010
> 1123.800 641513.8265
> 1124.000 641756.6641
> 1124.200 641790.8184
> 1124.400 641753.2439
> 1124.600 641872.4946
> 1124.800 641907.7366
> 1125.000 642057.4641
> 1125.200 642195.9836
> 1125.400 642390.0144
> 1125.600 642341.1856
> 1125.800 642253.6218
> 1126.000 642347.7000
> 1126.200 642344.3498
> 1126.400 642300.3628
> 1126.600 642339.8184
> 1126.800 642210.6825
> 1127.000 642189.5816
> 1127.200 642324.0383
> 1127.400 641868.6301
> 1127.600 641955.0514
> 1127.800 641742.7340
> 1128.000 641842.4385
> 1128.200 641645.2937
> 1128.400 641651.3807
> 1128.600 641367.8312
> 1128.800 641601.0022
> 1129.000 641749.6743
> 1129.200 641804.7578
> 1129.400 641682.4416
> 1129.600 641648.9382
> 1129.800 641722.0622
> 1130.000 641498.7436
> 1130.200 641311.5960
> 1130.400 641681.9045
> 1130.600 641663.0027
> 1130.800 641670.4590
> 1131.000 641745.9406
> 1131.200 641529.3598
> 1131.400 641466.3590
> 1131.600 641480.7499
> 1131.800 641194.3256
> 1132.000 641353.5249
> 1132.200 641326.1936
> 1132.400 641271.8346
> 1132.600 641376.3065
> 1132.800 641499.3862
> 1133.000 641845.4183
> 1133.200 641764.2585
> 1133.400 641544.6462
> 1133.600 641785.8375
> 1133.800 641760.9786
> 1134.000 641848.9279
> 1134.200 641850.2730
> 1134.400 641652.6290
> 1134.600 641801.2073
> 1134.800 641976.5835
> 1135.000 641696.7948
> 1135.200 641395.0356
> 1135.400 641337.0402
> 1135.600 641152.9680
> 1135.800 641232.4469
> 1136.000 641111.1983
> 1136.200 641060.4875
> 1136.400 641069.0982
> 1136.600 641073.0403
> 1136.800 641408.3530
> 1137.000 641429.9089
> 1137.200 641525.7249
> 1137.400 641763.5228
> 1137.600 641817.5366
> 1137.800 641833.9132
> 1138.000 641839.8866
> 1138.200 641714.0044
> 1138.400 641632.5706
> 1138.600 641648.4097
> 1138.800 641639.7189
> 1139.000 641638.9040
> 1139.200 641691.0864
> 1139.400 641488.1434
> 1139.600 641761.0914
> 1139.800 641775.9966
> 1140.000 641758.5713
> 1140.200 641551.9161
> 1140.400 641456.3714
> 1140.600 641438.3467
> 1140.800 641364.6249
> 1141.000 641240.2935
> 1141.200 641563.0446
> 1141.400 641323.4595
> 1141.600 641449.5450
> 1141.800 641622.5460
> 1142.000 641614.1615
> 1142.200 641837.6767
> 1142.400 641716.4130
> 1142.600 641522.0725
> 1142.800 641223.7791
> 1143.000 640881.5515
> 1143.200 641156.9924
> 1143.400 641324.8957
> 1143.600 641479.0849
> 1143.800 641852.6548
> 1144.000 642125.8599
> 1144.200 642102.7143
> 1144.400 641903.0200
> 1144.600 642083.1906
> 1144.800 641964.2777
> 1145.000 641763.2747
> 1145.200 641754.9000
> 1145.400 641793.7288
> 1145.600 641832.4713
> 1145.800 641517.3886
> 1146.000 641626.0731
> 1146.200 641446.4944
> 1146.400 641294.9908
> 1146.600 641286.2559
> 1146.800 641293.4967
> 1147.000 641251.2780
> 1147.200 641312.6121
> 1147.400 641187.2014
> 1147.600 641083.5011
> 1147.800 641039.5432
> 1148.000 641075.4716
> 1148.200 641078.7781
> 1148.400 641183.4664
> 1148.600 641306.7270
> 1148.800 641112.6560
> 1149.000 640961.7062
> 1149.200 640987.5631
> 1149.400 640964.3836
> 1149.600 641088.8551
> 1149.800 641251.5928
> 1150.000 641193.9302
> 1150.200 641154.3626
> 1150.400 641191.4177
> 1150.600 641320.2897
> 1150.800 641435.5677
> 1151.000 641609.7853
> 1151.200 641645.4402
> 1151.400 641672.5074
> 1151.600 641710.1703
> 1151.800 641866.0626
> 1152.000 641733.5652
> 1152.200 641679.1847
> 1152.400 641783.9764
> 1152.600 642141.7508
> 1152.800 641993.4607
> 1153.000 642072.0539
> 1153.200 642148.9280
> 1153.400 642263.5554
> 1153.600 642175.6980
> 1153.800 642258.8945
> 1154.000 642429.8380
> 1154.200 642206.5234
> 1154.400 642343.7667
> 1154.600 642328.8330
> 1154.800 642201.3610
> 1155.000 642144.7276
> 1155.200 642279.2275
> 1155.400 642101.4579
> 1155.600 642194.5473
> 1155.800 642383.2890
> 1156.000 642744.4001
> 1156.200 642726.0463
> 1156.400 642901.9306
> 1156.600 642788.4936
> 1156.800 642900.1883
> 1157.000 642962.7011
> 1157.200 642701.1394
> 1157.400 642601.5923
> 1157.600 642561.2485
> 1157.800 642472.5497
> 1158.000 642650.4256
> 1158.200 642776.9590
> 1158.400 642842.5573
> 1158.600 642920.4257
> 1158.800 642664.1612
> 1159.000 642695.1069
> 1159.200 642727.2050
> 1159.400 642637.6473
> 1159.600 642483.6761
> 1159.800 642545.8854
> 1160.000 642762.0718
> 1160.200 642663.1806
> 1160.400 642416.4658
> 1160.600 642392.4864
> 1160.800 642381.0755
> 1161.000 642293.4294
> 1161.200 642164.8743
> 1161.400 642142.3296
> 1161.600 642042.5513
> 1161.800 642107.7208
> 1162.000 642080.3372
> 1162.200 642113.5649
> 1162.400 642014.0860
> 1162.600 641988.4407
> 1162.800 642227.7254
> 1163.000 642064.1005
> 1163.200 642103.9868
> 1163.400 642245.5534
> 1163.600 642281.7542
> 1163.800 642360.2019
> 1164.000 642565.0721
> 1164.200 642580.5636
> 1164.400 642522.8158
> 1164.600 642549.2162
> 1164.800 642416.5068
> 1165.000 642563.3404
> 1165.200 642457.9255
> 1165.400 642508.0322
> 1165.600 642867.7645
> 1165.800 643001.2747
> 1166.000 643240.7388
> 1166.200 643138.9780
> 1166.400 643092.9025
> 1166.600 642624.6022
> 1166.800 642282.4957
> 1167.000 642117.4472
> 1167.200 642065.1682
> 1167.400 641864.4767
> 1167.600 641682.3184
> 1167.800 641903.9627
> 1168.000 641663.9109
> 1168.200 641820.9335
> 1168.400 641716.8647
> 1168.600 641446.6289
> 1168.800 641440.2713
> 1169.000 641612.0359
> 1169.200 641778.3911
> 1169.400 642033.1896
> 1169.600 642094.7565
> 1169.800 642090.0874
> 1170.000 642027.1561
> 1170.200 641868.7460
> 1170.400 641937.1572
> 1170.600 642147.9114
> 1170.800 642078.0417
> 1171.000 642019.7502
> 1171.200 642029.0135
> 1171.400 642017.2608
> 1171.600 641838.8826
> 1171.800 641896.8631
> 1172.000 641814.0931
> 1172.200 641924.8019
> 1172.400 642090.1384
> 1172.600 642240.9294
> 1172.800 642238.0390
> 1173.000 642088.1607
> 1173.200 642249.8480
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> 1173.600 641778.0704
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