Content-Type: application/octet-stream; name="map.COMPLEX3"
Content-Transfer-Encoding: base64
Content-Disposition: attachment; filename="map.COMPLEX3"

# map.dgIUPAC
# map DG pseudostructure nomenclature onto all-atom nomenclature
# INPUT (lhs) DG is mixed IUPAC-pseudoatom
# OUTPUT (rhs) is full IUPAC
#
# for NOE conversion program NOECONV and NOE
# analysis program NOEVIO (later versions only)
# duplicate entries are for multiple models

BEN HC	=	HC
BEN HN	=	HN
BEN H1	=	H1
BEN H2	=	H2
BEN H6	=	H6
BEN H9	=	H9
BEN Q10	=	H101 H102
BEN M13	=	H131 H132 H133
BEN H14	=	H14
BEN H15	=	H15
BEN Q16	=	H161 H162
BEN H17	=	H17
BEN M18	=	H181 H182 H183
BEN H19	=	H19
BEN M20	=	H201 H202 H203
BEN Q21	=	H211 H212
BEN H22	=	H22
BEN Q28	=	H281 H282
BEN M31	=	H311 H312 H313
BEN H83	=	H83
BEN H84	=	H84

RESIDUE DA
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H2	=	H2
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     P       =   P
MAPPING     H61     =   H61
MAPPING     N1      =   N1

RESIDUE DA5
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H2	=	H2
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     H61     =   H61
MAPPING     N1      =   N1

RESIDUE DA3
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H2	=	H2
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     H61     =   H61
MAPPING     N1      =   N1

RESIDUE DG
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'	=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'	=	H5'1  H5'2
MAPPING     P       =   P
MAPPING     O6      =   O6
MAPPING     H1      =   H1
MAPPING     N1      =   N1
MAPPING     H22     =   H22

RESIDUE DG5
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'	=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'	=	H5'1  H5'2
MAPPING     O6      =   O6
MAPPING     H1      =   H1
MAPPING     N1      =   N1
MAPPING     H22     =   H22

RESIDUE DG3
MAPPING		H8	=	H8
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     O6      =   O6
MAPPING     H1      =   H1
MAPPING     H22     =   H22
MAPPING     N1      =   N1 

RESIDUE DT
MAPPING		H6	=	H6
MAPPING		M	=	H71 H72 H73
MAPPING		H7	=	H71 H72 H73
MAPPING		M7	=	H71 H72 H73
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     P       =   P
MAPPING     O4      =   O4
MAPPING     H3      =   H3
MAPPING     N3      =   N3

RESIDUE DT5
MAPPING		H6	=	H6
MAPPING		M	=	H71 H72 H73
MAPPING		H7	=	H71 H72 H73
MAPPING		M7	=	H71 H72 H73
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     O4      =   O4
MAPPING     H3      =   H3
MAPPING     N3      =   N3

RESIDUE DT3
MAPPING		H6	=	H6
MAPPING		M	=	H71 H72 H73
MAPPING		H7	=	H71 H72 H73
MAPPING		M7	=	H71 H72 H73
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     O4      =   O4
MAPPING     H3      =   H3
MAPPING     N3      =   N3

RESIDUE DC
MAPPING		H5 = H5
MAPPING		H6 = H6
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     P       =   P
MAPPING     H41     =   H41
MAPPING     H42     =   H42
MAPPING     N3      =   N3
MAPPING     N4      =   N4
MAPPING     O2      =   O2

RESIDUE DC5
MAPPING		H5 = H5
MAPPING		H6 = H6
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     H41     =   H41
MAPPING     H42     =   H42
MAPPING     N3      =   N3
MAPPING     N4      =   N4
MAPPING     O2      =   O2

RESIDUE DC3
MAPPING		H5 = H5
MAPPING		H6 = H6
MAPPING		H1'	=	H1'
MAPPING		H2'	=	H2'1
MAPPING		H2'1	=	H2'1
MAPPING		H2''	=	H2'2
MAPPING		H2'2	=	H2'2
MAPPING		H3'	=	H3'
MAPPING		H4'	=	H4'
MAPPING		H5'	=	H5'1
MAPPING		H5'1	=	H5'1
MAPPING		H5''	=	H5'2
MAPPING		H5'2	=	H5'2
MAPPING		Q2'		=	H2'1  H2'2
MAPPING		Q5'		=	H5'1  H5'2
MAPPING     H41     =   H41
MAPPING     H42     =   H42
MAPPING     N3      =   N3
MAPPING     N4      =   N4
MAPPING     O2      =   O2