CaBP Data Library General Information

Information about Species in the EF-Hand Calcium-Binding Proteins Database

Species are listed by the code used to identify them in interspecies sequence alignments.

Code
Common Name
Scientific Name
SWISS-PROT Code
Mammal
Plant
Vertebrate
Eukaryote
Comment
ACHLY

Achlya klebsiana
ACHKL
n
n
n
y

ALFALFA
alfalfa
Medicago sativa
MEDSA
n
y
n
y

AMPHIFL
Florida lancelet
Branchiostoma floridae
BRAFL
n
n
n
y

AMPHIOX
amphioxus or common lancelet
Branchiostoma lanceolatum
BRALA
n
n
n
y

AMPHIUMA
salamander
Amphiuma means
AMPME
n
n
y
y

APPLE
apple
Malus domestica
MALDO
n
y
n
y

ARABID
mouse-ear cress
Arabidopsis thaliana
ARATH
n
y
n
y
This plant is commonly used for genetic studies
ATRIP

Atriplex nummularia
ATRNU
n
y
n
y

BALTCOD
Baltic cod
Gadus callarias
GADCA
n
n
y
y

BARLEY
barley
Hordeum vulgare
HORVU
n
y
n
y

BARNACLE
giant barnacle
Balanus nubilis
BALNU
n
n
n
y

BEECHNUT
beechnut
Fagus sylvatica
FAGSY
n
y
n
y

BLFLUKE
blood fluke
Schistosoma mansoni
SCHMA
n
n
n
y

BOA
Boa constrictor
Boa constrictor
BOACO
n
n
y
y

BOVINE
cow or bovine
Bos taurus
BOVIN
y
n
y
y

CANDIDA
yeast
Candida albicans
CANAL
n
n
n
y

CAPAN
bell pepper
Capsicum annum
CAPAN
n
y
n
y

CARP
carp
Cyprinus carpio
CYPCA
n
n
y
y

CARROT
carrot
Daucus carota
DAUCA
n
y
n
y

CELEG
roundworm
Caenorhabditis elegans
CAEEL
n
n
n
y
This worm is commonly used in genetic studies
CHICK
chicken
Gallus gallus
CHICK
n
n
y
y

CHINHAM
Chinese hamster
Cricetulus griseus
CRIGR
y
n
y
y

CHLAMY
green algae
Chlamydomonas reinhardtii
CHLRE
n
y
n
y

CHLNI
akazara scallop
Chlamys nipponensis akazar
CHLNI
n
n
n
y

CRAY
narrow-fingered crayfish
Pontastacus leptodactylus
PONLE
n
n
n
y

DICTY
slime mold
Dictyostelium discoideum
DICDI
n
n
n
y

DROPS
fruit fly
Drosophila pseudoobscura
DROPS
n
n
n
y

DROSI
fruit fly
Drosophila simulans
DROSI
n
n
n
y

DROSOP
fruit fly
Drosophila melanogaster
DROME
n
n
n
y
This species of fruit fly is the one commonly used in biological research
DROVI
fruit fly
Drosophila virilis
DROVI
n
n
n
y

DUNAL

Dunaliella salina
DUNSA
n
y
n
y

ELECTRO
electric eel
Electrophorus electricus
ELEEL
n
n
y
y

EMENI

Emericella nidulans
EMENI
n
n
n
y

EUGLENA
Euglena
Euglena gracilis
EUGGR
n
n
n
y

EUROHAKE
European hake
Merluccius merluccius
MERME
n
n
y
y

EWORM
common earthworm
Lumbricus terrestris
LUMTE
n
n
n
y

FELINE
cat
Felis silvestris catus
FELCA
y
n
y
y

FLUKE
blood fluke
Schistosoma japonicum
SCHJA
n
n
n
y

GERBIL
gerbil
Gerbillus sp
GERSP
y
n
y
y

GIARD

Giardia intestinalis
GIALA
n
n
n
y

GUINPIG
Guinea pig
Cavia porcellus
CAVPO
y
n
y
y

HALOCY
sea squirt
Halocynthia roretzi
HALRO
n
n
n
y

HORSE
Equus caballus
horse
HORSE
y
n
y
y

HSHCRAB
Japanese horseshoe crab
Tachypleus tridentatus
TACTR
n
n
n
y

HUMAN
human
Homo sapiens
HUMAN
y
n
y
y

KLULA
yeast
Kluyveromyces lactis
KLULA
n
n
n
y

LATCH
coelacanth
Latimeria chalumnae
LATCH
n
n
y
y

LEPSHARK
Leopard shark
Triakis semifasciata
TRISE
n
n
y
y

LEUCE
chub
Leuciscus cephalus
LEUCE
n
n
y
y

LOBSTER
American lobster
Homarus americanus
HOMAM
n
n
n
y

LONGHAM
long-tailed hamster
Cricetulus longicaudatus
CRILO
y
n
y
y

LUNGFISH
lungfish
Protopterus dolloi
PRODO
n
n
y
y

MACAQUE
Japanese macaque
Macaca fuscata fuscata
MACFU
y
n
y
y

MAIZE
corn or maize
Zea mays
MAIZE
n
y
n
y

MAPTURT
map turtle
Graptemys geographica
GRAGE
n
n
y
y

METSE
brown sea anemone
Metridium senile
METSE
n
n
n
y

MINK
American mink
Mustela vison
MUSVI
y
n
y
y

MOUSE
mouse or murine
Mus musculus
MOUSE
y
n
y
y

NAEG

Naegleria gruberi
NAEGR
n
n
n
y

NEREIS
sandworm
Nereis diversicolor
NERDI
n
n
n
y

NEUROSP
Neurospora
Neurospora crassa
NEUCR
n
n
n
y

PARAM
Paramecium
Paramecium tetraurelia
PARTE
n
n
n
y

PATINO
giant scallop
Patinopecten sp.
PATSP
n
n
n
y

PATYE
yesso scallop
Patinopecten yessoensis
PATYE
n
n
n
y

PEA
pea
Pisum sativum

n
y
n
y

PERVT
sandworm
Perinereis vancaurica tetradentata
PERVT
n
n
n
y

PETUN
petunia
Petunia hybrida
PARTE
n
y
n
y

PHYSARUM
slime mold
Physarum polycephalum
PHYPO
n
n
n
y

PHYTO
potato late blight fungus
Phytophthora infestans
PHYIN
n
n
n
y

PIKE
northern pike
Esox lucius
ESOLU
n
n
y
y

PLASMOD
malaria parasite
Plasmodium falciparum
PLAFA
n
n
n
y

PLEURO
cornucopia mushroom
Pleurotus cornucopiae
PLECO
n
n
n
y

PNEUMOC
Pneumocystis
Pneumocystis carinii
PLECO
n
n
n
y

PORCINE
pig
Sus scrofa
PIG
y
n
y
y

POTATO
potato
Solanum tuberosum
SOLTU
n
n
n
y

QUAIL
Japanese quail
Coturnix coturnix japonica
COTJA
n
n
y
y

RABBIT
rabbit
Oryctolagus cuniculus
RABIT
y
n
y
y

RAJA
thornback ray
Raja clavata
RAJCL
n
n
y
y

RANCA
bull frog
Rana catesbeiana
RANCA
n
n
y
y

RANES
edible frog
Rana esculenta
RANES
n
n
y
y

RAT
Norway rat
Rattus norvegicus
RAT
y
y
y
y

RICE
rice
Oryza sativa
ORYSA
n
y
n
y

SALMON
Atlantic salmon
Salmo salar
SALSA
n
n
y
y

SCALLOP
bay scallop
Aequipecten irradians
AEQIR
n
n
n
y

SCEREV
bakers yeast
Saccharomyces cerevisiae
YEAST
n
n
n
y

SCHDU

Scherffelia dubia
SCHDU
n
y
n
y

SEACUC
sea cucumber
Stichopus japonicus
STIJA
n
n
n
y

SHRIMP
Penoeid shrimp
Penaeus sp
PENSP
n
n
n
y

SILVHAKE
silver hake
Merluccius bilinearis
MERBI
n
n
y
y

SOY
soy bean
Glycine max
SOYBN
n
y
n
y

SPERMAT

Spermatozopsis similis
SPESI
n
y
n
y

SPINACH
spinach
Spinacia oleracea
SPIOL
n
y
n
y

SPISA
Sakhalin surf-clam
Spisula sachalinensis
SPISA
n
n
n
y

SPOMBE
fission yeast
Schizosaccharomyces pombe
SCHPO
n
n
n
y

SQUID
longfin squid
Loligo pealeii
LOLPE
n
n
n
y

SQUIRT
sea squirt
Pyuridae sp.
PYUSP
n
n
n
y

STYLON

Stylonychia lemnae
STYLE
n
n
n
y

SUNFLOW
common sunflower
Helianthus annus
HELAN
n
y
n
y

TETRAP
Tetrahymena
Tetrahymena pyriformis
TETPY
n
n
n
y

TETST

Tetraselmis striata
TETST
n
y
n
y

TOADFISH
oyster toadfish
Opsanus tau
OPSTA
n
n
y
y

TODPA
Japanese flying squid
Todarodes pacificus
TODPA
n
n
n
y

TOMATO
tomato
Lycopersicon esculentum
LYCES
n
y
n
y

TRYPANB

Trypanosoma brucei brucei
TRYBB
n
n
n
y

TRYPANC

Trypanosoma cruzi
TRYCR
n
n
n
y

TURKEY
turkey
Meleagris gallopavo
MELGA
n
n
y
y

WHEAT
wheat
Triticum aestivum
WHEAT
n
n
n
y

WHITING
whiting
Merlangius merlangus
MERMR
n
n
y
y

XENOPUS
African clawed frog
Xenopus laevis
XENLA
n
n
y
y