# # Input parameters for mm_pbsa.pl # This example just generates snapshots from a trajectory file # # Holger Gohlke # 08.01.2002 # ################################################################################ @GENERAL PREFIX 2idz PATH ./snapshots # COMPLEX 1 RECEPTOR 0 LIGAND 0 # COMPT 2idz_renum.prmtop RECPT 2idzprot.prmtop LIGPT zid.prmtop # GC 0 AS 0 DC 1 # MM 1 GB 1 PB 0 MS 0 # NM 0 # # ################################################################################ @MM # DIELC 1.0 # ################################################################################ @GB IGB 2 GBSA 2 SALTCON 0.00 EXTDIEL 80.0 INTDIEL 1.0 # SURFTEN 0.00542 SURFOFF 0.92 # @DECOMP DCTYPE 4 COMREC 2-269 COMLIG 270-270 COMPRI 2-270 RECRES 2-269 RECPRI 2-269 RECMAP 2-269 LIGRES 1-1 LIGPRI 1-1 LIGMAP 270-270