AMBER Archive (2009)

Subject: [AMBER] inhibitor prepin not recognized in xleap

From: Jayalakshmi Sridhar (jsridhar_at_xula.edu)
Date: Fri Oct 23 2009 - 10:56:40 CDT


   <div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 1 6px;">Dear Amber Users,<br _moz_dirty="" />I have = a
   protein with a small molecule docked in it. I need to minimize the c omplex. I ran the inhibitor through antechamber to generate prepin and frcmod files. I then loaded the prepin file in xleap and then the com plex pdb file.  All help is greatly appreciated. Thanks.<br _ moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />This is the o utput I am getting in xleap:<br _moz_dirty="" /><br _ moz_dirty="" /> 1z10nic = loadpdb 1z10nic_mod5.pdb<br
   _moz_dirty="" />= Loading PDB file:
   ./1z10nic_mod5.pdb<br _moz_dirty=""= /> -- residue
   495: duplicate [ C] atoms (total 10)<br _moz_dirt= y=""
   /> -- residue 495: duplicate [ H] atoms (total 14)<br
   _moz_dirt= y="" /> -- residue 495: duplicate [ N] atoms
   (total 2)<br _moz_dirty= ="" /> <br _moz_dirty=""
   />    Warning: Atom names in each residue should be unique.<br
   _= moz_dirty="" />      (Same-name atoms are handled by
   using the first<br _moz= _dirty="" />      
   occurrence and by ignoring the rest.<br _moz_dir= ty="" />
         Frequently duplicate atom names stem from alternate<br _moz_dirty="" />       conformations in the PDB
   file.)<br _moz_dirty== "" /> <br _moz_dirty=""
   /> One sided connection. Residue:  missing connect0 atom.<br
   _m= oz_dirty="" /> One sided connection. Residue:  missing
   connect1 atom.<br _m= oz_dirty="" />   Added missing heavy
   atom: .R&lt;CARG 494&gt;.A&lt;= OXT 25&gt;<br
   _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 1 4&gt;<br _moz_dirty="" />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 4
   8&gt;<br _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom:
   .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 3 10&gt;<br
   _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 5 11&gt;<br _moz_dirty="" />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 2
   1&gt;<br _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom:
   .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 6 13&gt;<br
   _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;N= 1 22&gt;<br _moz_dirty="" />  
   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 7
   16&gt;<br _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom:
   .R&lt;NIC 495&gt;.A&lt;C= 8 19&gt;<br
   _moz_dirty="" />   Added missing heavy atom: .R&lt;NIC
   495&gt;.A&lt;C= 9 23&gt;<br _moz_dirty=""
   /><br _moz_dirty="= " />This is my .prepin file:<br
   _moz_dirty="" /> =    0    0    2<br
   _moz_dirty="" /><br _= moz_dirty="" />This is a
   remark line<br _moz_dirty="= " />molecule.res<br
   _moz_dirty="" />NIC   INT = 0<br _moz_dirty=""
   />CORRECT     OMIT DU   BE= G<br _moz_dirty=""
   />  0.0000<br _moz_dirty="= " />   1  DUMM 
   DU    M    0  -1  -2   =   0.000     
   .0        .0     = .00000<br
   _moz_dirty="" />   2  DUMM  DU   = M   
   1   0  -1     1.449      .0         .0      .00000<br _moz_dirty="" />   3  DUMM  DU    M    2   1   0      1.522   111.1        .0      .00 000<br _moz_dirty="" />   4  C2    ca    M    3   2   1     1.540   111.208   180.000  0.398300<br _moz_dirty="" />   5  H2     h4    E    4   3   2     1.082   110.285   152.021  0.023500<br _moz_dirty="" />    6  N     nb    M    4   3   2      1.338   132.082    -5.372 -0.667400<br _moz _dirty="" />   7  C1    ca    M    6    4   3     1.334   114.508   -15.311  0. 393700<br _moz_dirty="" />   8  H1    h4     E    7   6   4     1.081   115.704   171.419  0.022000<br _moz_dirty="" />   9  C      ca    M    7   6   4     1.378    122.650    -9.218 -0.249500<br _moz_dirty="" />  10  H     ha    E    9   7   6      1.057   124.491  -179.429  0.143600<br _mo z_dirty="" />  11  C4    ca    M    9    7   6     1.358   121.446     3.759 -0 .084900<br _moz_dirty="" />  12  H3    ha     E   11   9   7     1.086   120.269   177.462  0.150100<br _moz_dirty="" />  13  C3     ca    M   11   9   7     1.362   116.419     8.515 -0.193500<br _moz_dirty="" / >  14  C5    c3    M   13  11   9     1.475   118.393   156.894  0.210100<br _moz_dir ty="" />  15  H4    h1    E   14  13  11      1.089   110.042    90.624  0.068300<b= r
   _moz_dirty="" />  16  C6    c3    M   14  13  11     1.506   110.030  -150.548 -0.10 1800<br _moz_dirty="" />  17  H5    hc    E   16  14  13     1.094   112.449   -93.5 17  0.055800<br _moz_dirty="" />  18  H6    hc    E   16  14  13     1.089   112.965     29.014  0.047000<br _moz_dirty="" />  19  C7    c3    M   16  14  13     1.480   102.822   145.879 -0.102500<br _moz_dirty="" />=  
   20  H7    hc    E   19  16  14     1. 092   111.815  -110.001  0.047800<br _moz_dirty=" " />  21  H8    hc    E   19  16  14      1.074   105.271   133.653  0.049600<br _moz_ dirty="" />  22  C8    c3    M   19  16  14     1.519   106.734     9.135  0.14740 0<br _moz_dirty="" />  23  H9    h1    E    22  19  16     1.093   111.474    80.768   0.055700<br _moz_dirty="" />  24  H10   h1     E   22  19  16     1.095   114.538  -15 7.270  0.044700<br _moz_dirty="" />  25  N1     n3    M   22  19  16     1.455   101.4 42   -35.278 -0.704200<br _moz_dirty="" />  26  C9    c3    M   25  22  19     1.475   109.554   -77.222  0.141400<br _moz_dirty="" />   27  H11   h1    E   26  25  22     1.0 92   111.860  -163.695  0.049300<br _moz_dirty=" " />  28  H12   h1    E   26  25  22     1.096   114.117    73.566  0.011700<br _moz_d irty="" />  29  H13   h1    E   26  25  22      1.097   110.378   -47.999  0.043800<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" /><br _m oz_dirty="" />LOOP<br _moz_dirty="" />   C3    C2<br _moz_dirty="" />   N1   C5<br _moz_ dirty="" /><br _moz_dirty="" />IMPROPER<br _mo z_dirty="" />   C3   H2   C2    N<br _mo z_dirty="" />    C   H1   C1    N<br _ moz_dirty="" />   C4   C1    C    H<br _ moz_dirty="" />   C3    C   C4   H3<br _ moz_dirty="" />   C4   C1    C    H<br _ moz_dirty="" />   C3    C   C4   H3<br _ moz_dirty="" />   C5   C4   C3   C2<br _mo z_dirty="" /><br _moz_dirty="" />DONE<br _mo z_dirty="" />STOP<br _moz_dirty="" /><br _mo z_dirty="" />This is the HETATM in pdb file:<br _moz_d irty="" />HETATM 7585  C   NIC     1      57.090  76.668  61.797  1.00  0.00            C<br _moz_dirty="" />HETATM 7586  C   NIC      1      58.370  76.789  61.300  1.00  0.00           C<br _moz_dirty="" /> HETATM 7587  N   NIC     1      58.868  77. 949  60.869  1.00  0.00           N<br _moz_dirty="" />HETATM 7588  C   NIC     1       57.971  78.938  60.776  1.00  0.00            C<br _moz_dirty="" />HETATM 7589  C   NIC     1      56.635  78.838  61.14 1  1.00  0.00           C<br _moz_dirt y="" />HETATM 7590  C   NIC     1      5 6.231  77.720  61.806  1.00  0.00            C<br _moz_dirty="" />HETATM 7591  C   NIC      1      55.606  79.785  60.671  1.00  0.00           C<br _moz_dirty="" /> HETATM 7592  C   NIC     1      56.085  80. 494  59.432  1.00  0.00           C<br _moz_dirty="" />HETATM 7593  C   NIC     1       54.838  80.678  58.656  1.00  0.00            C<br _moz_dirty="" />HETATM 7594  C   NIC     1      53.691  80.283  59.57 1  1.00  0.00           C<br _moz_dirt y="" />HETATM 7595  N   NIC     1      5 4.286  79.189  60.324  1.00  0.00            N<br _moz_dirty="" />HETATM 7596  C   NIC      1      54.310  77.972  59.491  1.00  0.00           C<br _moz_dirty="" /> HETATM 7597  H   NIC     1      56.669  75. 766  62.154  1.00  0.00           H<br _moz_dirty="" />HETATM 7598  H   NIC     1       59.040  75.942  61.246  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" />HETATM 7599  H   NIC     1      58.346  79.834  60.30 0  1.00  0.00           H<br _moz_dirt y="" />HETATM 7600  H   NIC     1      5 5.214  77.593  62.164  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" />HETATM 7601  H   NIC      1      55.414  80.537  61.435  1.00  0.00           H<br _moz_dirty="" /> HETATM 7602  H   NIC     1      56.571  81. 448  59.658  1.00  0.00           H<br _moz_dirty="" />HETATM 7603  H   NIC     1       56.777  79.896  58.841  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" />HETATM 7604  H   NIC     1      54.817  80.046  57.76 6  1.00  0.00           H<br _moz_dirt y="" />HETATM 7605  H   NIC     1      5 4.859  81.699  58.325  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" />HETATM 7606  H   NIC      1      53.431  81.092  60.259  1.00  0.00           H<br _moz_dirty="" /> HETATM 7607  H   NIC     1      52.773  79. 993  59.050  1.00  0.00           H<br _moz_dirty="" />HETATM 7608  H   NIC     1       54.476  77.073  60.089  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" />HETATM 7609  H   NIC     1      55.063  77.989  58.69 5  1.00  0.00           H<br _moz_dirt y="" />HETATM 7610  H   NIC     1      5 3.331  77.810  59.023  1.00  0.00            H<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Jaya.<br /></div>




_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber