AMBER Archive (2009)

Subject: [AMBER] partial charges from AM1-BCC and RESP differ a lot

From: xueqin pang (pangxueqintea_at_yahoo.com.cn)
Date: Wed Jun 10 2009 - 07:39:31 CDT


Hello everyone,
 
I intend to get the partial charges of DPPC (C40H80NO8P) with RESP after optimization with Gauss. However the output of Gauss for the lipid (dppc) differs a lot from the input  conformation.
 
What is more, after stimulating with AM1-BCC and RESP,  the given partial charges of the gout is quite different, espancially for the N atom, which is .-0.58700 in AM1-BCC, but 0.060945 from RESP.
 
So do you have any suggestions on what to do with Gauss. and which partial change should  I use?  
 
The gin:
%chk=dppc.chk
%mem=800mb
%lindaworker=c0230:2
%nproc=4
#P  opt HF/6-31G* freq SCF=Tight Pop=MK IOp(6/33=2)
dppc optimization
0       1
C                     6.955     25.977    10.659
H                     7.304     24.918    10.652
H                     6.38      26.271    9.75
H                     6.142     26.182    11.393
C                     8.607     26.527    12.263
H                     9.531     27.128    12.43
H                     8.742     25.445    12.495
H                     7.809     26.737    13.013
C                     7.714     28.165    10.888
H                     8.638     28.766    11.055
H                     6.901     28.37     11.622
H                     7.139     28.459    9.979
N                     8.174     26.769    10.879
C                     9.179     26.289    9.919
H                     8.701     26.127    8.925
H                     9.474     25.245    10.175
C                     10.432    27.151    9.753
H                     11.145    26.599    9.096
H                     10.165    28.027    9.118
O                     11.159    27.633    10.886
P                     12.36     28.638    10.512
O                     13.335    27.759    9.828
O                     11.716    29.821    9.899
O                     12.826    28.775    12.047
C                     12.151    29.763    12.83
H                     12.26     30.781    12.388
H                     11.043    29.661    12.753
C                     12.619    29.729    14.287
H                     13.693    29.431    14.318
O                     11.847    28.78     15.036
C                     12.465    28.133    16.06
O                     13.489    27.512    15.778
C                     11.496    27.702    17.163
H                     10.779    28.521    17.405
H                     10.779    26.936    16.786
C                     12.207    27.209    18.425
H                     12.742    28.01     18.987
H                     13.104    26.578    18.224
C                     11.116    26.503    19.232
H                     10.125    26.988    19.071
H                     10.897    25.495    18.808
C                     11.441    26.409    20.724
H                     12.153    25.566    20.881
H                     10.538    26.037    21.263
C                     11.974    27.643    21.455
H                     12.244    27.413    22.512
H                     12.984    27.939    21.086
C                     10.974    28.798    21.362
H                     10.688    29.066    20.318
H                     9.948     28.538    21.712
C                     11.624    29.943    22.141
H                     11.982    29.636    23.152
H                     12.613    30.248    21.726
C                     10.612    31.09     22.185
H                     10.845    31.862    21.415
H                     9.614     30.761    21.811
C                     10.501    31.715    23.577
H                     11.422    32.305    23.792
H                     10.582    30.915    24.349
C                     9.268     32.575    23.863
H                     9.254     33.536    23.297
H                     8.325     32.156    23.44
C                     9.229     32.759    25.382
H                     9.476     31.815    25.922
H                     8.188     32.896    25.758
C                     10.144    33.912    25.8
H                     9.897     34.914    25.377
H                     11.177    33.897    25.38
C                     10.032    33.775    27.32
H                     9.983     32.704    27.625
H                     9.031     34.108    27.682
C                     11.157    34.508    28.053
H                     11.324    35.534    27.649
H                     12.16     34.079    27.821
C                     10.868    34.519    29.555
H                     11.688    35.053    30.089
H                     10.701    33.493    29.959
H                     9.865     34.948    29.787
C                     12.473    31.135    14.873
H                     13.264    31.819    14.487
H                     12.739    31.152    15.956
O                     11.168    31.674    14.651
C                     10.915    32.886    15.214
O                     11.809    33.669    15.531
C                     9.464     33.345    15.369
H                     8.975     33.367    14.367
H                     9.446     34.428    15.634
C                     8.578     32.57     16.347
H                     8.958     32.654    17.392
H                     8.688     31.469    16.209
C                     7.113     32.999    16.251
H                     6.764     33.122    15.199
H                     6.945     34.05     16.584
C                     6.283     31.984    17.04
H                     6.466     30.919    16.764
H                     5.196     31.981    16.792
C                     6.603     32.328    18.496
H                     7.662     32.669    18.575
H                     6.644     31.392    19.1
C                     5.686     33.342    19.184
H                     5.305     34.097    18.457
H                     4.718     32.873    19.478
C                     6.355     34.02     20.381
H                     7.069     33.341    20.903
H                     7.081     34.806    20.067
C                     5.286     34.569    21.328
H                     5.621     35.451    21.922
H                     4.441     35.077    20.807
C                     4.856     33.377    22.184
H                     3.856     33.556    22.643
H                     4.608     32.497    21.546
C                     5.889     33.006    23.25
H                     6.369     33.916    23.68
H                     6.788     32.531    22.792
C                     5.295     32.122    24.349
H                     5.055     31.1      23.973
H                     6.058     31.844    25.113
C                     4.075     32.794    24.983
H                     4.275     33.853    25.27
H                     3.263     32.984    24.243
C                     3.598     31.95     26.167
H                     2.556     32.23     26.446
H                     3.435     30.894    25.848
C                     4.507     31.998    27.397
H                     5.58      32.165    27.144
H                     4.364     32.916    28.014
C                     4.265     30.704    28.176
H                     4.927     30.739    29.072
H                     4.408     29.786    27.559
H                     3.192     30.537    28.429
                              
               
(END)
 
 
 
 
 
 
 
 
 
The gout:
 
 Gaussian 03:  IA32L-G03RevD.01 13-Oct-2005
                 4-Jun-2009
 ******************************************
 %chk=dppc.chk
 %mem=800mb
 %lindaworker=c0230:2
 SetLPE:  input flags=""
 SetLPE:    new flags="-mp 2 -nodelist 'c0230' -opt 'Tsnet.c0230.speedfacto
r: 2'"
 Will use up to    2 processors via Linda.
 %nproc=4
 Will use up to    4 processors via shared memory.
 --------------------------------------------------
 #P opt HF/6-31G* freq SCF=Tight Pop=MK IOp(6/33=2)
 --------------------------------------------------
 1/18=20,38=1/1,3;
 2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
 3/5=1,6=6,7=1,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
 4//1;
 5/5=2,32=2,38=5/2;
 6/7=2,8=2,9=2,10=2,15=8,20=1,28=1,33=2/1,2;
 7//1,2,3,16;
 1/18=20/3(3);
 2/9=110/2;
 6/7=2,8=2,9=2,10=2,15=8,19=2,20=1,28=1,33=2/1,2;
 99//99;
 2/9=110/2;
 3/5=1,6=6,7=1,11=9,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
 4/5=5,16=3/1;
 5/5=2,32=2,38=5/2;
 7//1,2,3,16;
 1/18=20/3(-5);
 2/9=110/2;
 6/7=2,8=2,9=2,10=2,15=8,19=2,20=1,28=1,33=2/1,2;
 99/9=1/99;
 Leave Link    1 at Thu Jun  4 09:35:40 2009, MaxMem=  104857600 cpu:     
 0.5
 (Enter /home/yqjing/g03/l101.exe)
 -----------------
 dppc optimization
 -----------------
 Symbolic Z-matrix:
 Charge =  0 Multiplicity = 1
 C                     6.955     25.977    10.659
 H                     7.304     24.918    10.652
 H                     6.38      26.271    9.75
 H                     6.142     26.182    11.393
 C                     8.607     26.527    12.263
 H                     9.531     27.128    12.43
 H                     8.742     25.445    12.495
 H                     7.809     26.737    13.013
 C                     7.714     28.165    10.888
 H                     8.638     28.766    11.055
 H                     6.901     28.37     11.622
 H                     7.139     28.459    9.979
 N                     8.174     26.769    10.879
 C                     9.179     26.289    9.919
 H                     8.701     26.127    8.925
 H                     9.474     25.245    10.175
 C                     10.432    27.151    9.753
 H                     11.145    26.599    9.096
 H                     10.165    28.027    9.118
 O                     11.159    27.633    10.886
 P                     12.36     28.638    10.512
 O                     13.335    27.759    9.828
 O                     11.716    29.821    9.899
 O                     12.826    28.775    12.047
 C                     12.151    29.763    12.83
 H                     12.26     30.781    12.388
 H                     11.043    29.661    12.753
 C                     12.619    29.729    14.287
 H                     13.693    29.431    14.318
 O                     11.847    28.78     15.036
 C                     12.465    28.133    16.06
 O                     13.489    27.512    15.778
 C                     11.496    27.702    17.163
 H                     10.779    28.521    17.405
 H                     10.779    26.936    16.786
 C                     12.207    27.209    18.425
 H                     12.742    28.01     18.987
 H                     13.104    26.578    18.224
 C                     11.116    26.503    19.232
 H                     10.125    26.988    19.071
 H                     10.897    25.495    18.808
 C                     11.441    26.409    20.724
 H                     12.153    25.566    20.881
 H                     10.538    26.037    21.263
 C                     11.974    27.643    21.455
 H                     12.244    27.413    22.512
 H                     12.984    27.939    21.086
 C                     10.974    28.798    21.362
 H                     10.688    29.066    20.318
 H                     9.948     28.538    21.712
 C                     11.624    29.943    22.141
 H                     11.982    29.636    23.152
 H                     12.613    30.248    21.726
 C                     10.612    31.09     22.185
 H                     10.845    31.862    21.415
 H                     9.614     30.761    21.811
 C                     10.501    31.715    23.577
 H                     11.422    32.305    23.792
 H                     10.582    30.915    24.349
 C                     9.268     32.575    23.863
 H                     9.254     33.536    23.297
 H                     8.325     32.156    23.44
 C                     9.229     32.759    25.382
 H                     9.476     31.815    25.922
 H                     8.188     32.896    25.758
 C                     10.144    33.912    25.8
 H                     9.897     34.914    25.377
 H                     11.177    33.897    25.38
 C                     10.032    33.775    27.32
 H                     9.983     32.704    27.625
 H                     9.031     34.108    27.682
 C                     11.157    34.508    28.053
 H                     11.324    35.534    27.649
 H                     12.16     34.079    27.821
 C                     10.868    34.519    29.555
 H                     11.688    35.053    30.089
 H                     10.701    33.493    29.959
 H                     9.865     34.948    29.787
 C                     12.473    31.135    14.873
 H                     13.264    31.819    14.487
 H                     12.739    31.152    15.956
 O                     11.168    31.674    14.651
 C                     10.915    32.886    15.214
 O                     11.809    33.669    15.531
 C                     9.464     33.345    15.369
 H                     8.975     33.367    14.367
 H                     9.446     34.428    15.634
 C                     8.578     32.57     16.347
 H                     8.958     32.654    17.392
 H                     8.688     31.469    16.209
 C                     7.113     32.999    16.251
 H                     6.764     33.122    15.199
 H                     6.945     34.05     16.584
 C                     6.283     31.984    17.04
 H                     6.466     30.919    16.764
 H                     5.196     31.981    16.792
 C                     6.603     32.328    18.496
 H                     7.662     32.669    18.575
 H                     6.644     31.392    19.1
 C                     5.686     33.342    19.184
 H                     5.305     34.097    18.457
 H                     4.718     32.873    19.478
 C                     6.355     34.02     20.381
 H                     7.069     33.341    20.903
 H                     7.081     34.806    20.067
 C                     5.286     34.569    21.328
 H                     5.621     35.451    21.922
 H                     4.441     35.077    20.807
 C                     4.856     33.377    22.184
 H                     3.856     33.556    22.643
 H                     4.608     32.497    21.546
 C                     5.889     33.006    23.25
 H                     6.369     33.916    23.68
 H                     6.788     32.531    22.792
 C                     5.295     32.122    24.349
 H                     5.055     31.1      23.973
 H                     6.058     31.844    25.113
 C                     4.075     32.794    24.983
 H                     4.275     33.853    25.27
 H                     3.263     32.984    24.243
 C                     3.598     31.95     26.167
 H                     2.556     32.23     26.446
 H                     3.435     30.894    25.848
 C                     4.507     31.998    27.397
 H                     5.58      32.165    27.144
 H                     4.364     32.916    28.014
 C                     4.265     30.704    28.176
 H                     4.927     30.739    29.072
 H                     4.408     29.786    27.559
 H                     3.192     30.537    28.429
 
 
 
 
 
The partial charges from AM1-BCC
MOL
  130   129     1     0     0
SMALL
bcc

@<TRIPOS>ATOM
      1 C1         10.8690    3.0330   -2.3230 c3        1 MOL      0.08660
0
      2 H1         10.3450    3.9640   -2.4780 hx        1 MOL      0.08240
0
      3 H2         11.0570    2.5570   -3.2740 hx        1 MOL      0.08130
0
      4 H3         11.8070    3.2230   -1.8230 hx        1 MOL      0.08490
0
      5 C2          9.8710    2.7990   -0.1350 c3        1 MOL      0.06540
0
      6 H4          9.3050    2.1860    0.5440 hx        1 MOL      0.18950
0
      7 H5          9.3630    3.7400   -0.2880 hx        1 MOL      0.07160
0
      8 H6         10.8600    2.9780    0.2630 hx        1 MOL      0.07560
0
      9 C3         10.7580    0.8310   -1.3090 c3        1 MOL      0.06110
0
     10 H7         10.2000    0.1790   -0.6510 hx        1 MOL      0.18030
0
     11 H8         11.7330    1.0410   -0.8950 hx        1 MOL      0.07420
0
     12 H9         10.8680    0.3770   -2.2840 hx        1 MOL      0.07650
0
     13 N1         10.0380    2.1360   -1.4760 n4        1 MOL     -0.58700
0
     14 C4          8.7100    1.9510   -2.1860 c3        1 MOL      0.08810
0
     15 H10         8.9520    1.7440   -3.2210 hx        1 MOL      0.06750
0
     16 H11         8.2130    2.9100   -2.1320 hx        1 MOL      0.08780
0
     17 C5          7.7790    0.8570   -1.6710 c3        1 MOL      0.17980
0
     18 H12         6.9190    0.8910   -2.3350 h1        1 MOL      0.04970
0
     19 H13         8.2310   -0.1190   -1.7640 h1        1 MOL      0.08820
0
     20 O1          7.3770    1.1120   -0.3750 os        1 MOL     -0.57810
0
     21 P1          7.7600    0.0860    0.8800 p5        1 MOL      1.42440
0
     22 O2          8.7160   -0.8910    0.3280 o         1 MOL     -0.81550
0
     23 O3          8.0810    0.9890    1.9940 o         1 MOL     -0.81860
0
     24 O4          6.3570   -0.6510    1.1220 os        1 MOL     -0.55880
0
     25 C6          5.3220   -0.0040    1.8200 c3        1 MOL      0.16880
0
     26 H14         5.6890    0.3630    2.7690 h1        1 MOL      0.06980
0
     27 H15         4.9470    0.8320    1.2450 h1        1 MOL      0.05680
0
     28 C7          4.2180   -1.0150    2.0510 c3        1 MOL      0.14570
0
     29 H16         4.6450   -1.9200    2.4550 h1        1 MOL      0.10270
0
     30 O5          3.6430   -1.3040    0.7800 os        1 MOL     -0.43290
0
     31 C8          3.1030   -2.4970    0.5780 c         1 MOL      0.63380
0
     32 O6          2.9830   -3.3230    1.4260 o         1 MOL     -0.54760
0
     33 C9          2.6630   -2.6550   -0.8570 c3        1 MOL     -0.12780
0
     34 H17         1.9940   -1.8300   -1.0860 hc        1 MOL      0.07540
0
     35 H18         3.5410   -2.5060   -1.4790 hc        1 MOL      0.07800
0
     36 C10         2.0020   -4.0000   -1.1450 c3        1 MOL     -0.07950
0
     37 H19         1.1560   -4.1250   -0.4780 hc        1 MOL      0.05690
0
     38 H20         2.6970   -4.7980   -0.9040 hc        1 MOL      0.06000
0
     39 C11         1.5580   -4.1190   -2.6050 c3        1 MOL     -0.07820
0
     40 H21         0.8270   -3.3450   -2.8270 hc        1 MOL      0.04060
0
     41 H22         2.4110   -3.9160   -3.2500 hc        1 MOL      0.03650
0
     42 C12         0.9970   -5.4960   -2.9850 c3        1 MOL     -0.07650
0
     43 H23         1.7760   -6.2400   -2.8330 hc        1 MOL      0.04340
0
     44 H24         0.7840   -5.4960   -4.0530 hc        1 MOL      0.03870
0
     45 C13        -0.2620   -5.9500   -2.2340 c3        1 MOL     -0.08010
0
     46 H25        -0.5060   -6.9550   -2.5710 hc        1 MOL      0.03970
0
     47 H26        -0.0500   -6.0370   -1.1720 hc        1 MOL      0.04490
0
     48 C14        -1.4870   -5.0550   -2.4370 c3        1 MOL     -0.07860
0
     49 H27        -1.2920   -4.0610   -2.0410 hc        1 MOL      0.03830
0
     50 H28        -1.6670   -4.9270   -3.5040 hc        1 MOL      0.03810
0
     51 C15        -2.7490   -5.6130   -1.7750 c3        1 MOL     -0.07980
0
     52 H29        -2.9590   -6.6020   -2.1790 hc        1 MOL      0.04000
0
     53 H30        -2.5640   -5.7520   -0.7110 hc        1 MOL      0.04120
0
     54 C16        -3.9770   -4.7200   -1.9620 c3        1 MOL     -0.07890
0
     55 H31        -3.7680   -3.7320   -1.5530 hc        1 MOL      0.03830
0
     56 H32        -4.1580   -4.5760   -3.0260 hc        1 MOL      0.03830
0
     57 C17        -5.2390   -5.2810   -1.3050 c3        1 MOL     -0.07950
0
     58 H33        -5.0470   -5.4340   -0.2460 hc        1 MOL      0.04150
0
     59 H34        -5.4540   -6.2640   -1.7220 hc        1 MOL      0.03980
0
     60 C18        -6.4610   -4.3770   -1.4920 c3        1 MOL     -0.07790
0
     61 H35        -6.2660   -3.4100   -1.0310 hc        1 MOL      0.03970
0
     62 H36        -6.5910   -4.1840   -2.5550 hc        1 MOL      0.03710
0
     63 C19        -7.7740   -4.9450   -0.9390 c3        1 MOL     -0.07790
0
     64 H37        -7.9690   -5.9110   -1.4020 hc        1 MOL      0.04070
0
     65 H38        -8.5870   -4.2920   -1.2490 hc        1 MOL      0.03720
0
     66 C20        -7.8200   -5.0940    0.5840 c3        1 MOL     -0.07940
0
     67 H39        -7.5750   -4.1380    1.0450 hc        1 MOL      0.03860
0
     68 H40        -7.0570   -5.7950    0.9130 hc        1 MOL      0.04130
0
     69 C21        -9.1830   -5.5660    1.0950 c3        1 MOL     -0.07950
0
     70 H41        -9.4330   -6.5170    0.6270 hc        1 MOL      0.03950
0
     71 H42        -9.9500   -4.8610    0.7800 hc        1 MOL      0.03850
0
     72 C22        -9.2380   -5.7240    2.6160 c3        1 MOL     -0.08020
0
     73 H43        -8.9880   -4.7750    3.0860 hc        1 MOL      0.03790
0
     74 H44        -8.4750   -6.4320    2.9330 hc        1 MOL      0.03920
0
     75 C23       -10.6030   -6.1940    3.1190 c3        1 MOL     -0.09250
0
     76 H45       -10.6110   -6.2960    4.1990 hc        1 MOL      0.03240
0
     77 H46       -10.8670   -7.1580    2.6930 hc        1 MOL      0.03260
0
     78 H47       -11.3840   -5.4890    2.8480 hc        1 MOL      0.03190
0
     79 C24         3.1550   -0.5270    3.0160 c3        1 MOL      0.11520
0
     80 H48         3.5850   -0.3780    3.9980 h1        1 MOL      0.06580
0
     81 H49         2.3560   -1.2470    3.0990 h1        1 MOL      0.07130
0
     82 O7          2.6420    0.7070    2.5340 os        1 MOL     -0.43480
0
     83 C25         1.6770    1.2880    3.2350 c         1 MOL      0.63180
0
     84 O8          1.2390    0.8350    4.2430 o         1 MOL     -0.54410
0
     85 C26         1.2070    2.5650    2.5850 c3        1 MOL     -0.12710
0
     86 H50         2.0720    3.1950    2.4010 hc        1 MOL      0.07820
0
     87 H51         0.5600    3.0680    3.2930 hc        1 MOL      0.07490
0
     88 C27         0.4660    2.3040    1.2650 c3        1 MOL     -0.07750
0
     89 H52        -0.3650    1.6320    1.4580 hc        1 MOL      0.05150
0
     90 H53         1.1320    1.7920    0.5770 hc        1 MOL      0.05980
0
     91 C28        -0.0410    3.6000    0.6290 c3        1 MOL     -0.07840
0
     92 H54         0.7980    4.2840    0.5170 hc        1 MOL      0.03910
0
     93 H55        -0.7360    4.0880    1.3070 hc        1 MOL      0.04360
0
     94 C29        -0.6900    3.4180   -0.7490 c3        1 MOL     -0.07650
0
     95 H56         0.0510    2.9990   -1.4280 hc        1 MOL      0.04050
0
     96 H57        -0.9370    4.4010   -1.1430 hc        1 MOL      0.03900
0
     97 C30        -1.9480    2.5400   -0.8000 c3        1 MOL     -0.08020
0
     98 H58        -1.7090    1.5260   -0.4880 hc        1 MOL      0.04390
0
     99 H59        -2.2600    2.4640   -1.8390 hc        1 MOL      0.03800
0
    100 C31        -3.1260    3.0610    0.0280 c3        1 MOL     -0.07870
0
    101 H60        -2.8660    3.0660    1.0850 hc        1 MOL      0.03950
0
    102 H61        -3.3180    4.0970   -0.2430 hc        1 MOL      0.03900
0
    103 C32        -4.3940    2.2240   -0.1670 c3        1 MOL     -0.07890
0
    104 H62        -4.6970    2.2680   -1.2100 hc        1 MOL      0.04090
0
    105 H63        -4.1550    1.1810    0.0290 hc        1 MOL      0.03940
0
    106 C33        -5.5670    2.6160    0.7410 c3        1 MOL     -0.07760
0
    107 H64        -6.3820    1.9140    0.5720 hc        1 MOL      0.03950
0
    108 H65        -5.2630    2.4770    1.7770 hc        1 MOL      0.03890
0
    109 C34        -6.1110    4.0430    0.5850 c3        1 MOL     -0.07870
0
    110 H66        -6.8790    4.1830    1.3400 hc        1 MOL      0.03810
0
    111 H67        -5.3320    4.7660    0.8160 hc        1 MOL      0.04080
0
    112 C35        -6.6900    4.3520   -0.7990 c3        1 MOL     -0.07860
0
    113 H68        -7.4590    3.6180   -1.0410 hc        1 MOL      0.04030
0
    114 H69        -5.9120    4.2290   -1.5480 hc        1 MOL      0.03830
0
    115 C36        -7.2730    5.7640   -0.9490 c3        1 MOL     -0.07800
0
    116 H70        -6.5230    6.4950   -0.6520 hc        1 MOL      0.03950
0
    117 H71        -7.4650    5.9380   -2.0040 hc        1 MOL      0.03840
0
    118 C37        -8.5610    6.0090   -0.1540 c3        1 MOL     -0.07850
0
    119 H72        -9.3140    5.2860   -0.4620 hc        1 MOL      0.04020
0
    120 H73        -8.3760    5.8250    0.9000 hc        1 MOL      0.03880
0
    121 C38        -9.1340    7.4250   -0.2950 c3        1 MOL     -0.07860
0
    122 H74        -9.9470    7.5380    0.4200 hc        1 MOL      0.03750
0
    123 H75        -8.3750    8.1510   -0.0050 hc        1 MOL      0.03950
0
    124 C39        -9.6620    7.7760   -1.6880 c3        1 MOL     -0.08060
0
    125 H76        -8.8560    7.7370   -2.4160 hc        1 MOL      0.03920
0
    126 H77       -10.3890    7.0260   -1.9950 hc        1 MOL      0.03850
0
    127 C40       -10.3110    9.1600   -1.7390 c3        1 MOL     -0.09280
0
    128 H78       -10.6770    9.3870   -2.7360 hc        1 MOL      0.03220
0
    129 H79        -9.6020    9.9350   -1.4620 hc        1 MOL      0.03180
0
    130 H80       -11.1530    9.2240   -1.0560 hc        1 MOL      0.03210
0
@<TRIPOS>BOND
     1    1    2 1  
     2    1    3 1  
     3    1    4 1  
     4    1   13 1  
     5    5    6 1  
     6    5    7 1  
     7    5    8 1  
     8    5   13 1  
     9    9   10 1  
    10    9   11 1  
    11    9   12 1  
    12    9   13 1  
    13   13   14 1  
    14   14   15 1  
    15   14   16 1  
    16   14   17 1  
    17   17   18 1  
    18   17   19 1  
    19   17   20 1  
    20   20   21 1  
    21   21   22 1  
    22   21   23 1  
    23   21   24 1  
    24   24   25 1  
    25   25   26 1  
    26   25   27 1  
    27   25   28 1  
    28   28   29 1  
    29   28   30 1  
    30   28   79 1  
    31   30   31 1  
    32   31   32 2  
    33   31   33 1  
    34   33   34 1  
    35   33   35 1  
    36   33   36 1  
    37   36   37 1  
    38   36   38 1  
    39   36   39 1  
    40   39   40 1  
    41   39   41 1  
    42   39   42 1  
    43   42   43 1  
    44   42   44 1  
    45   42   45 1  
    46   45   46 1  
    47   45   47 1  
    48   45   48 1  
    49   48   49 1  
    50   48   50 1  
    51   48   51 1  
    52   51   52 1  
    53   51   53 1  
    54   51   54 1  
    55   54   55 1  
    56   54   56 1  
    57   54   57 1  
    58   57   58 1  
    59   57   59 1  
    60   57   60 1  
    61   60   61 1  
    62   60   62 1  
    63   60   63 1  
    64   63   64 1  
    65   63   65 1  
    66   63   66 1  
    67   66   67 1  
    68   66   68 1  
    69   66   69 1  
    70   69   70 1  
    71   69   71 1  
    72   69   72 1  
    73   72   73 1  
    74   72   74 1  
    75   72   75 1  
    76   75   76 1  
    77   75   77 1  
    78   75   78 1  
    79   79   80 1  
    80   79   81 1  
    81   79   82 1  
    82   82   83 1  
    83   83   84 2  
    84   83   85 1  
    85   85   86 1  
    86   85   87 1  
    87   85   88 1  
    88   88   89 1  
    89   88   90 1  
    90   88   91 1  
    91   91   92 1  
    92   91   93 1  
    93   91   94 1  
    94   94   95 1  
    95   94   96 1  
    96   94   97 1  
    97   97   98 1  
    98   97   99 1  
    99   97  100 1  
   100  100  101 1  
   101  100  102 1  
   102  100  103 1  
   103  103  104 1  
   104  103  105 1  
   105  103  106 1  
   106  106  107 1  
   107  106  108 1  
   108  106  109 1  
   109  109  110 1  
   110  109  111 1  
   111  109  112 1  
   112  112  113 1  
   113  112  114 1  
   114  112  115 1  
   115  115  116 1  
   116  115  117 1  
   117  115  118 1  
   118  118  119 1  
   119  118  120 1  
   120  118  121 1  
   121  121  122 1  
   122  121  123 1  
   123  121  124 1  
   124  124  125 1  
   125  124  126 1  
   126  124  127 1  
   127  127  128 1  
   128  127  129 1  
   129  127  130 1  
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
     1 MOL         1 TEMP              0 ****  ****    0 ROOT
(END)
 
 
 
 
The partial charges from RESP
  0    0    2
This is a remark line
DPP.res
DPP   INT  0
CORRECT     OMIT DU   BEG
  0.0000
   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000
   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000
   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000
   4  C23   CT    M    3   2   1     1.540   111.208   180.000 -0.079099
   5  H45   HC    E    4   3   2     1.085    89.577   -84.605  0.015179
   6  H46   HC    E    4   3   2     1.086    75.937    23.841  0.015179
   7  H47   HC    E    4   3   2     1.086    44.041   158.973  0.015179
   8  C22   CT    M    4   3   2     1.529   153.237   133.058  0.041505
   9  H43   HC    E    8   4   3     1.088   109.339    81.074 -0.003811
  10  H44   HC    E    8   4   3     1.088   109.282  -162.965 -0.003811
  11  C21   CT    M    8   4   3     1.530   113.010   -40.945 -0.016550
  12  H41   HC    E   11   8   4     1.089   109.193   -58.007  0.007015
  13  H42   HC    E   11   8   4     1.088   109.223    57.767  0.007015
  14  C20   CT    M   11   8   4     1.530   113.315   179.927  0.004249
  15  H39   HC    E   14  11   8     1.089   109.252   -58.540  0.003792
  16  H40   HC    E   14  11   8     1.087   108.977    57.164  0.003792
  17  C19   CT    M   14  11   8     1.531   112.891   179.753 -0.015161
  18  H37   HC    E   17  14  11     1.089   109.347   -61.103 -0.000205
  19  H38   HC    E   17  14  11     1.088   108.629    54.286 -0.000205
  20  C18   CT    M   17  14  11     1.534   114.863   175.770 -0.003563
  21  H35   HC    E   20  17  14     1.089   109.241   -56.892  0.000269
  22  H36   HC    E   20  17  14     1.088   108.398  -172.094  0.000269
  23  C17   CT    M   20  17  14     1.531   114.863    66.238  0.015644
  24  H33   HC    E   23  20  17     1.087   110.057   -62.287 -0.000183
  25  H34   HC    E   23  20  17     1.089   109.176    54.038 -0.000183
  26  C16   CT    M   23  20  17     1.529   112.920   175.756 -0.007299
  27  H31   HC    E   26  23  20     1.090   109.248    57.693 -0.004098
  28  H32   HC    E   26  23  20     1.089   109.337   -58.123 -0.004098
  29  C15   CT    M   26  23  20     1.530   113.312   179.729  0.004275
  30  H29   HC    E   29  26  23     1.089   109.272    57.674  0.000160
  31  H30   HC    E   29  26  23     1.089   109.289   -58.172  0.000160
  32  C14   CT    M   29  26  23     1.530   113.341   179.768  0.018167
  33  H27   HC    E   32  29  26     1.088   108.879    56.992  0.001145
  34  H28   HC    E   32  29  26     1.090   109.280   -58.588  0.001145
  35  C13   CT    M   32  29  26     1.531   112.916   179.519 -0.004973
  36  H25   HC    E   35  32  29     1.088   108.641    54.057 -0.000664
  37  H26   HC    E   35  32  29     1.086   109.429   -61.036 -0.000664
  38  C12   CT    M   35  32  29     1.535   114.751   174.776 -0.051649
  39  H23   HC    E   38  35  32     1.088   108.467  -175.649  0.013815
  40  H24   HC    E   38  35  32     1.089   108.630   -60.761  0.013815
  41  C11   CT    M   38  35  32     1.535   116.369    61.742  0.001676
  42  H21   HC    E   41  38  35     1.088   110.019   -62.168 -0.005759
  43  H22   HC    E   41  38  35     1.089   107.883  -177.187 -0.005759
  44  C10   CT    M   41  38  35     1.531   114.329    61.561  0.055940
  45  H19   HC    E   44  41  38     1.085   110.572   -63.470  0.008204
  46  H20   HC    E   44  41  38     1.085   109.901    53.395  0.008204
  47  C9    CT    M   44  41  38     1.526   111.973   174.935 -0.066559
  48  H17   HC    E   47  44  41     1.087   111.268    58.128  0.015287
  49  H18   HC    E   47  44  41     1.086   111.280   -59.633  0.015287
  50  C8    C     M   47  44  41     1.509   113.452   179.476  0.770783
  51  O6    O     E   50  47  44     1.190   125.138     1.098 -0.605332
  52  O5    OS    M   50  47  44     1.325   110.979  -178.658 -0.433085
  53  C7    CT    M   52  50  47     1.425   118.891  -174.851  0.036630
  54  C6    CT    3   53  52  50     1.515   107.069   151.129  0.139595
  55  O4    OS    S   54  53  52     1.406   107.763   -68.836 -0.375164
  56  P1    P     3   55  54  53     1.603   120.503  -172.164  1.116057
  57  O1    OS    S   56  55  54     1.666   101.284   -77.839 -0.438010
  58  C5    CT    3   57  56  55     1.381   121.772  -104.487  0.158376
  59  C4    CT    3   58  57  56     1.526   111.223  -117.421  0.052280
  60  N1    N3    3   59  58  57     1.517   117.612    63.022  0.060945
  61  C1    CT    3   60  59  58     1.487   107.221   168.063 -0.029176
  62  H1    HP    E   61  60  59     1.080   109.308    57.466  0.074576
  63  H2    HP    E   61  60  59     1.080   109.444   -62.778  0.074576
  64  H3    HP    E   61  60  59     1.080   109.132   177.389  0.074576
  65  C2    CT    3   60  59  58     1.505   111.932   -74.064 -0.029176
  66  H4    HP    E   65  60  59     1.076   111.698    64.376  0.074576
  67  H5    HP    E   65  60  59     1.080   108.040   -56.460  0.074576
  68  H6    HP    E   65  60  59     1.081   107.424  -174.815  0.074576
  69  C3    CT    3   60  59  58     1.500   111.482    49.252 -0.029176
  70  H7    HP    E   69  60  59     1.081   110.161   -65.182  0.074576
  71  H8    HP    E   69  60  59     1.080   107.874   174.154  0.074576
  72  H9    HP    E   69  60  59     1.081   108.290    55.605  0.074576
  73  H10   HP    E   59  58  57     1.083   108.775  -176.609  0.025840
  74  H11   HP    E   59  58  57     1.081   109.784   -57.833  0.025840
  75  H12   H1    E   58  57  56     1.087   109.709   127.196  0.051413
  76  H13   H1    E   58  57  56     1.080   111.699     7.632  0.051413
  77  O2    O2    E   56  55  54     1.474   108.625   170.851 -0.744831
  78  O3    O2    E   56  55  54     1.470   111.053    32.172 -0.744831
  79  H14   H1    E   54  53  52     1.082   109.875   171.324  0.059941
  80  H15   H1    E   54  53  52     1.082   110.135    51.526  0.059941
  81  H16   H1    E   53  52  50     1.079   108.879    33.217  0.147756
  82  C24   CT    M   53  52  50     1.516   110.494   -85.239 -0.162256
  83  H48   H1    E   82  53  52     1.082   110.072   175.917  0.164301
  84  H49   H1    E   82  53  52     1.079   110.695    56.046  0.164301
  85  O7    OS    M   82  53  52     1.421   108.467   -64.455 -0.316419
  86  C25   C     M   85  82  53     1.327   117.631   178.884  0.692669
  87  O8    O     E   86  85  82     1.189   123.309     0.855 -0.579941
  88  C26   CT    M   86  85  82     1.508   111.702  -178.401 -0.098313
  89  H50   HC    E   88  86  85     1.086   108.426   -52.895  0.030182
  90  H51   HC    E   88  86  85     1.083   107.320  -169.906  0.030182
  91  C27   CT    M   88  86  85     1.536   112.139    68.392  0.015952
  92  H52   HC    E   91  88  86     1.086   108.756    56.564  0.025988
  93  H53   HC    E   91  88  86     1.086   109.191   -59.710  0.025988
  94  C28   CT    M   91  88  86     1.530   111.908   178.477 -0.028828
  95  H54   HC    E   94  91  88     1.088   108.644    54.577  0.012742
  96  H55   HC    E   94  91  88     1.087   109.448   -60.698  0.012742
  97  C29   CT    M   94  91  88     1.534   114.399   175.261 -0.051281
  98  H56   HC    E   97  94  91     1.089   108.536   -60.625  0.012528
  99  H57   HC    E   97  94  91     1.087   108.320  -175.345  0.012528
 100  C30   CT    M   97  94  91     1.535   116.388    62.023 -0.009614
 101  H58   HC    E  100  97  94     1.088   110.102   -62.162  0.004740
 102  H59   HC    E  100  97  94     1.087   107.870  -177.143  0.004740
 103  C31   CT    M  100  97  94     1.531   114.703    61.656  0.015556
 104  H60   HC    E  103 100  97     1.089   110.053   -64.012  0.015637
 105  H61   HC    E  103 100  97     1.088   108.970    52.110  0.015637
 106  C32   CT    M  103 100  97     1.532   112.462   174.390 -0.020854
 107  H62   HC    E  106 103 100     1.087   109.316   -61.435  0.005187
 108  H63   HC    E  106 103 100     1.088   108.608    53.600  0.005187
 109  C33   CT    M  106 103 100     1.534   114.703   174.306 -0.048339
 110  H64   HC    E  109 106 103     1.089   108.401  -175.794  0.017343
 111  H65   HC    E  109 106 103     1.089   108.487   -61.201  0.017343
 112  C34   CT    M  109 106 103     1.535   116.633    61.379  0.000852
 113  H66   HC    E  112 109 106     1.086   107.445  -175.913  0.000719
 114  H67   HC    E  112 109 106     1.088   110.031   -61.121  0.000719
 115  C35   CT    M  112 109 106     1.532   114.412    62.213 -0.014890
 116  H68   HC    E  115 112 109     1.090   109.352    55.206  0.008334
 117  H69   HC    E  115 112 109     1.087   109.223   -60.386  0.008334
 118  C36   CT    M  115 112 109     1.535   114.673   178.292 -0.026679
 119  H70   HC    E  118 115 112     1.089   109.231    53.615  0.011663
 120  H71   HC    E  118 115 112     1.086   108.021   168.728  0.011663
 121  C37   CT    M  118 115 112     1.533   114.542   -69.305 -0.030246
 122  H72   HC    E  121 118 115     1.088   109.165   -57.868  0.015497
 123  H73   HC    E  121 118 115     1.086   109.457    58.055  0.015497
 124  C38   CT    M  121 118 115     1.534   114.431   179.439 -0.027599
 125  H74   HC    E  124 121 118     1.089   108.326  -171.362  0.011212
 126  H75   HC    E  124 121 118     1.090   109.291   -56.258  0.011212
 127  C39   CT    M  124 121 118     1.531   115.101    67.092  0.036914
 128  H76   HC    E  127 124 121     1.087   110.218   -62.287  0.002819
 129  H77   HC    E  127 124 121     1.089   109.210    54.209  0.002819
 130  C40   CT    M  127 124 121     1.529   112.598   175.826 -0.090608
 131  H78   HC    E  130 127 124     1.086   111.269   179.961  0.018283
 132  H79   HC    E  130 127 124     1.086   111.108    59.894  0.018283
 133  H80   HC    E  130 127 124     1.086   111.182   -60.014  0.018283

LOOP
IMPROPER
   C9   O6   C8   O5
  C26   O8  C25   O7
DONE
STOP
 
 

      ___________________________________________________________
  好玩贺卡等你发,邮箱贺卡全新上线!
http://card.mail.cn.yahoo.com/
_______________________________________________
AMBER mailing list
AMBER_at_ambermd.org
http://lists.ambermd.org/mailman/listinfo/amber