Starting installation of Amber8 (serial) at Mon Jan 31 11:08:13 CST 2005.
	mkdir ../exe
mkdir: 0653-358 Cannot create ../exe.
../exe: Do not specify an existing file.
make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
make: 1254-005 Ignored error code 2 from last command.
	cd lib; make install
	xlf90     -o new2oldparm new2oldparm.o nxtsec.o
	mv new2oldparm ../../exe
	/bin/rm _*.f
rm: _*.f: A file or directory in the path name does not exist.
make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
make: 1254-005 Ignored error code 2 from last command.
	cd addles; make install
	cd ../lib; ./Makelist ../lib/random.o ../lib/mexit.o  ../lib/nxtsec.o
Target "random.o" is up to date.
Target "mexit.o" is up to date.
Target "nxtsec.o" is up to date.
	xlf90     -o addles lesmain.o addspace.o readprm.o  writprm.o readcrd.o writcrd.o   pick.o  	 rline.o   nxt.o  intgr.o   find.o    of.o  geti.o    unit.o    getc.o  alert.o   echo.o    get4c.o  getd.o    wlesprm.o lesprm.o  les2prm.o checksz.o  ../lib/random.o ../lib/mexit.o  ../lib/nxtsec.o -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	mv addles ../../exe
	cd sander; make serial
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	cd ../lib; make nxtsec.o
Target "nxtsec.o" is up to date.
	cd ../lapack; make
	ar rvs lapack.a dsyev.o dlansy.o dsytrd.o dorgtr.o dsteqr.o  dsterf.o dlascl.o dlamch.o xerbla.o ilaenv.o dlassq.o dsytd2.o  dlatrd.o dorgql.o dorgqr.o dlasrt.o dlaset.o dlanst.o dlaev2.o  dlasr.o dlapy2.o dlartg.o dlae2.o dorg2r.o dlarft.o dlarfb.o  dorg2l.o dlarfg.o dlarf.o dspev.o dlansp.o dsptrd.o dopgtr.o  dppsv.o dspsv.o dgeev.o dsptrs.o dsptrf.o dpptrs.o dpptrf.o  dgebak.o dtrevc.o dlacpy.o dhseqr.o dorghr.o dgehrd.o dgebal.o  dlange.o dlabad.o dlahqr.o dlarfx.o dlanhs.o dlaln2.o dgehd2.o  dlahrd.o dlanv2.o dladiv.o dgerq2.o dorm2r.o dlarnv.o dgeqr2.o  dlaruv.o dspevd.o dstedc.o dopmtr.o dlaed0.o dlaed1.o dlaed7.o  dlaeda.o dlaed8.o dlaed9.o dlamrg.o dlaed2.o dlaed3.o  dlaed4.o dlaed5.o dlaed6.o
r - dsyev.o
r - dlansy.o
r - dsytrd.o
r - dorgtr.o
r - dsteqr.o
r - dsterf.o
r - dlascl.o
r - dlamch.o
r - xerbla.o
r - ilaenv.o
r - dlassq.o
r - dsytd2.o
r - dlatrd.o
r - dorgql.o
r - dorgqr.o
r - dlasrt.o
r - dlaset.o
r - dlanst.o
r - dlaev2.o
r - dlasr.o
r - dlapy2.o
r - dlartg.o
r - dlae2.o
r - dorg2r.o
r - dlarft.o
r - dlarfb.o
r - dorg2l.o
r - dlarfg.o
r - dlarf.o
r - dspev.o
r - dlansp.o
r - dsptrd.o
r - dopgtr.o
r - dppsv.o
r - dspsv.o
r - dgeev.o
r - dsptrs.o
r - dsptrf.o
r - dpptrs.o
r - dpptrf.o
r - dgebak.o
r - dtrevc.o
r - dlacpy.o
r - dhseqr.o
r - dorghr.o
r - dgehrd.o
r - dgebal.o
r - dlange.o
r - dlabad.o
r - dlahqr.o
r - dlarfx.o
r - dlanhs.o
r - dlaln2.o
r - dgehd2.o
r - dlahrd.o
r - dlanv2.o
r - dladiv.o
r - dgerq2.o
r - dorm2r.o
r - dlarnv.o
r - dgeqr2.o
r - dlaruv.o
r - dspevd.o
r - dstedc.o
r - dopmtr.o
r - dlaed0.o
r - dlaed1.o
r - dlaed7.o
r - dlaeda.o
r - dlaed8.o
r - dlaed9.o
r - dlamrg.o
r - dlaed2.o
r - dlaed3.o
r - dlaed4.o
r - dlaed5.o
r - dlaed6.o
	/bin/true lapack.a
	cd ../blas; make
	ar rvs blas.a dummy.o
r - dummy.o
	/bin/true blas.a
	cd ../lmod; make
	cd xmin; make
Target "install" is up to date.
	cd nvib; make
Target "install" is up to date.
	cd lmod; make
Target "install" is up to date.
	ar rvs lmod.a xmin/*.o nvib/*.o lmod/*.o
r - xmin/xmin.o
r - nvib/nvib.o
r - lmod/lmod.o
	/bin/true lmod.a
	xlf90   -qfree  -o sander trace.o  lmod.o  decomp.o  icosasurf.o  egb.o  findmask.o  pb_force.o  sander.o cshf.o noecalc.o noeread.o caldis.o  calrate.o dinten.o drates.o indexn.o kmat.o pearsn.o  plane.o remarc.o nmrcal.o nmrred.o  restal.o getnat.o nmrnrg.o modwt.o disnrg.o angnrg.o  tornrg.o nmrprt.o nmrgrp.o nmrcms.o nmrcmf.o  impnum.o nmrsht.o at2res.o chklin.o opnmrg.o  printe.o runmin.o ndvprt.o force.o rdparm.o  mdread.o locmem.o runmd.o getcor.o  r6ave.o r6drv.o aveint.o degcnt.o corf.o  threeb.o tripl.o nmrrad.o decnvh.o  fastwt.o echoin.o parallel.o jnrg.o  shake.o ene.o mdwrit.o minrit.o  set.o setmm.o dynlib.o mdfil.o nmlsrc.o  ew_force.o ew_setup.o ew_box.o ew_bspline.o ew_fft.o ew_direct.o ew_recip.o pcshift.o align.o  rstack.o istack.o rfree.o rgroup.o  random.o lsqfit.o amopen.o  debug.o ew_recip_reg.o ew_handle_dips.o ew_dipole_recip.o  mexit.o new_time.o extra_pts.o thermo_int.o  matinv.o assert.o  mmtsb.o mmtsb_client.o erfcfun.o veclib.o mdm.o  pb_init.o constantph.o prn_dipoles.o   ../lmod/lmod.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl  ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a ../lib/nxtsec.o ../lib/sys.a 
	xlf90   -qfree  -o sander.LES trace.o  lmod.o  decomp.o  icosasurf.o  egb.LES.o  findmask.o  pb_force.o  sander.LES.o cshf.o noecalc.o noeread.o caldis.o  calrate.o dinten.o drates.o indexn.o kmat.o pearsn.o  plane.o remarc.o nmrcal.LES.o nmrred.LES.o  restal.o getnat.o nmrnrg.o modwt.LES.o disnrg.o angnrg.o  tornrg.o nmrprt.o nmrgrp.o nmrcms.o nmrcmf.o  impnum.o nmrsht.o at2res.o chklin.o opnmrg.o  printe.o runmin.o ndvprt.o force.LES.o rdparm.LES.o  mdread.LES.o locmem.LES.o runmd.LES.o getcor.o  r6ave.LES.o r6drv.o aveint.o degcnt.LES.o corf.o  threeb.o tripl.o nmrrad.o decnvh.o  fastwt.o echoin.o parallel.LES.o jnrg.LES.o  shake.o ene.LES.o mdwrit.o minrit.o  set.o setmm.o dynlib.LES.o mdfil.o nmlsrc.o  ew_force.LES.o ew_setup.o ew_box.o ew_bspline.o ew_fft.o ew_direct.LES.o ew_recip.LES.o pcshift.o align.o  rstack.o istack.o rfree.o rgroup.o  random.o lsqfit.o amopen.o egb_les.LES.o  debug.o ew_recip_reg.o ew_handle_dips.o ew_dipole_recip.o  mexit.o new_time.o extra_pts.LES.o  thermo_int.o matinv.o assert.o  mmtsb.o mmtsb_client.o erfcfun.o veclib.o mdm.o  pb_init.o constantph.o prn_dipoles.o  ../lmod/lmod.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl  ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a ../lib/nxtsec.o ../lib/sys.a
	cd ../divcon; make libdivcon.a
Target "libdivcon.a" is up to date.
	xlf90   -qfree  -o sander.QMMM trace.o debug.QMMM.o  findmask.o  pb_force.o  sander.QMMM.o cshf.o noecalc.o noeread.o caldis.o  calrate.o dinten.o drates.o indexn.o kmat.o pearsn.o  plane.o remarc.o nmrcal.o nmrred.o  restal.o getnat.o nmrnrg.o modwt.o disnrg.o angnrg.o  tornrg.o nmrprt.o nmrgrp.o nmrcms.o nmrcmf.o  impnum.o nmrsht.o at2res.o chklin.o opnmrg.o  printe.QMMM.o runmin.QMMM.o ndvprt.o rdparm.QMMM.o  mdread.QMMM.o locmem.QMMM.o runmd.QMMM.o getcor.QMMM.o  r6ave.o r6drv.o aveint.o degcnt.o corf.o  threeb.o tripl.o nmrrad.o decnvh.o  fastwt.o echoin.o parallel.o jnrg.o  shake.o ene.QMMM.o mdwrit.QMMM.o minrit.QMMM.o  set.o setmm.o dynlib.QMMM.o mdfil.o nmlsrc.o  pcshift.o align.o  rstack.o istack.o rfree.o rgroup.o  random.o lsqfit.o amopen.o  mexit.o new_time.o thermo_int.o  matinv.o decomp.o  assert.o  erfcfun.o veclib.o mdm.o pb_init.o  constantph.o prn_dipoles.o  mmtsb.o mmtsb_client.o delbad.o link_atoms.o  qmcompare.o qmsort.o forcecp.o ifshk.o resnba.o nonbon.o ../lib/nxtsec.o  -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a  ../lib/sys.a ../divcon/libdivcon.a ../divcon/block.o
	cd ../lib; make mexit.o
Target "mexit.o" is up to date.
	xlf90   -qfree  -o ambmask ambmask.o findmask.o  amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/nxtsec.o -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv sander sander.LES sander.QMMM ambmask ../../exe
	cd ptraj; make install
	cd ../lapack; make
	ar rvs lapack.a dsyev.o dlansy.o dsytrd.o dorgtr.o dsteqr.o  dsterf.o dlascl.o dlamch.o xerbla.o ilaenv.o dlassq.o dsytd2.o  dlatrd.o dorgql.o dorgqr.o dlasrt.o dlaset.o dlanst.o dlaev2.o  dlasr.o dlapy2.o dlartg.o dlae2.o dorg2r.o dlarft.o dlarfb.o  dorg2l.o dlarfg.o dlarf.o dspev.o dlansp.o dsptrd.o dopgtr.o  dppsv.o dspsv.o dgeev.o dsptrs.o dsptrf.o dpptrs.o dpptrf.o  dgebak.o dtrevc.o dlacpy.o dhseqr.o dorghr.o dgehrd.o dgebal.o  dlange.o dlabad.o dlahqr.o dlarfx.o dlanhs.o dlaln2.o dgehd2.o  dlahrd.o dlanv2.o dladiv.o dgerq2.o dorm2r.o dlarnv.o dgeqr2.o  dlaruv.o dspevd.o dstedc.o dopmtr.o dlaed0.o dlaed1.o dlaed7.o  dlaeda.o dlaed8.o dlaed9.o dlamrg.o dlaed2.o dlaed3.o  dlaed4.o dlaed5.o dlaed6.o
r - dsyev.o
r - dlansy.o
r - dsytrd.o
r - dorgtr.o
r - dsteqr.o
r - dsterf.o
r - dlascl.o
r - dlamch.o
r - xerbla.o
r - ilaenv.o
r - dlassq.o
r - dsytd2.o
r - dlatrd.o
r - dorgql.o
r - dorgqr.o
r - dlasrt.o
r - dlaset.o
r - dlanst.o
r - dlaev2.o
r - dlasr.o
r - dlapy2.o
r - dlartg.o
r - dlae2.o
r - dorg2r.o
r - dlarft.o
r - dlarfb.o
r - dorg2l.o
r - dlarfg.o
r - dlarf.o
r - dspev.o
r - dlansp.o
r - dsptrd.o
r - dopgtr.o
r - dppsv.o
r - dspsv.o
r - dgeev.o
r - dsptrs.o
r - dsptrf.o
r - dpptrs.o
r - dpptrf.o
r - dgebak.o
r - dtrevc.o
r - dlacpy.o
r - dhseqr.o
r - dorghr.o
r - dgehrd.o
r - dgebal.o
r - dlange.o
r - dlabad.o
r - dlahqr.o
r - dlarfx.o
r - dlanhs.o
r - dlaln2.o
r - dgehd2.o
r - dlahrd.o
r - dlanv2.o
r - dladiv.o
r - dgerq2.o
r - dorm2r.o
r - dlarnv.o
r - dgeqr2.o
r - dlaruv.o
r - dspevd.o
r - dstedc.o
r - dopmtr.o
r - dlaed0.o
r - dlaed1.o
r - dlaed7.o
r - dlaeda.o
r - dlaed8.o
r - dlaed9.o
r - dlamrg.o
r - dlaed2.o
r - dlaed3.o
r - dlaed4.o
r - dlaed5.o
r - dlaed6.o
	/bin/true lapack.a
	cd ../arpack; make
Target "install" is up to date.
	cd ../blas; make
	ar rvs blas.a dummy.o
r - dummy.o
	/bin/true blas.a
	cd ../lib ; make sys.a 
Target "sys.a" is up to date.
	cd pdb; make
Target "install" is up to date.
	xlf90   -qfree  -o rdparm main.o rdparm.o dispatch.o help.o utility.o second.o  io.o trajectory.o evec.o torsion.o  rms.o display.o interface.o energy.o  experimental.o ptraj.o actions.o analyze.o  thermo.o pubfft.o pdb/libpdb.a ../arpack/arpack.a ../lapack/lapack.a  ../blas/blas.a  -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	xlf90   -qfree  -o ptraj main.o rdparm.o dispatch.o help.o utility.o second.o  io.o trajectory.o evec.o torsion.o  rms.o display.o interface.o energy.o  experimental.o ptraj.o actions.o analyze.o  thermo.o pubfft.o pdb/libpdb.a ../arpack/arpack.a ../lapack/lapack.a  ../blas/blas.a  -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv rdparm ptraj ../../exe
	cd nmr_aux; make install
	cd prepare_input; make clean ; make install
	/bin/rm *.o _*.f makeDIST_RST makeANG_RST makeSHF.cp makeCHIR_RST.cp  makeDIP_RST.protein.cp makeDIP_RST.dna.cp
rm: _*.f: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeDIST_RST: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeANG_RST: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeSHF.cp: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeCHIR_RST.cp: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeDIP_RST.protein.cp: A file or directory in the path name does not exist.
rm: makeDIP_RST.dna.cp: A file or directory in the path name does not exist.
make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
make: 1254-005 Ignored error code 2 from last command.
	xlc -c -O2  -DCLINK_PLAIN  -o makeDIST_RST.o makeDIST_RST.c
    1500-030: (I) INFORMATION: main: Additional optimization may be attained by recompiling and specifying MAXMEM option with a value greater than 2048.
	xlc    -o makeDIST_RST makeDIST_RST.o -lm
	xlc -c -O2  -DCLINK_PLAIN  -o makeANG_RST.o makeANG_RST.c
    1500-030: (I) INFORMATION: cmd_parse: Additional optimization may be attained by recompiling and specifying MAXMEM option with a value greater than 2048.
	xlc    -o makeANG_RST makeANG_RST.o -lm
	/bin/rm -f makeSHF_RST.cp makeCHIR_RST.cp makeDIP_RST.protein.cp  makeDIP_RST.dna.cp
	cp makeSHF_RST makeSHF_RST.cp
	cp makeCHIR_RST makeCHIR_RST.cp
	cp makeDIP_RST.protein makeDIP_RST.protein.cp
	cp makeDIP_RST.dna makeDIP_RST.dna.cp
	chmod 755 makeDIST_RST makeANG_RST makeSHF_RST.cp makeCHIR_RST.cp  makeDIP_RST.protein.cp makeDIP_RST.dna.cp
	mv makeDIST_RST makeANG_RST ../../../exe
	mv makeCHIR_RST.cp ../../../exe/makeCHIR_RST
	mv makeSHF_RST.cp ../../../exe/makeSHF_RST
	mv makeDIP_RST.protein.cp ../../../exe/makeDIP_RST.protein
	mv makeDIP_RST.dna.cp ../../../exe/makeDIP_RST.dna
	cp map.DG-AMBER ../../../dat
	cp map.Brook-AMBER ../../../dat
	cd fantasian; make clean ; make install
	/bin/rm *.o _*.f fantasian
rm: fantasian: A file or directory in the path name does not exist.
make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
make: 1254-005 Ignored error code 2 from last command.
	/lib/cpp -traditional -P -I/nsfchem/xwfang/amber8/src/include -DESSL -DNMLEQ -DCLINK_PLAIN -Drs6000  fantasian.f > _fantasian.f
1506-173 (W) Option traditional is not valid.  Enter xlc for list of valid options.
	xlf90 -c -qfixed -c     -o fantasian.o _fantasian.f
** fantasian   === End of Compilation 1 ===
** simplexrun   === End of Compilation 2 ===
** simpcalc   === End of Compilation 3 ===
** cash   === End of Compilation 4 ===
** dispshift   === End of Compilation 5 ===
** prres   === End of Compilation 6 ===
** pang   === End of Compilation 7 ===
1501-510  Compilation successful for file _fantasian.f.
	xlf90     -o fantasian fantasian.o ../../lib/random.o ../../lib/mexit.o -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	mv fantasian ../../../exe/
	cp senergy sviol sviol2 ../../exe
	cd nmode; make install
	cd ../lib ; ./Makelist ../lib/rfree.o   ../lib/matinv.o ../lib/nxtsec.o  ../lib/amopen.o 
Target "rfree.o" is up to date.
Target "matinv.o" is up to date.
Target "nxtsec.o" is up to date.
Target "amopen.o" is up to date.
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	cd ../lapack; make
	ar rvs lapack.a dsyev.o dlansy.o dsytrd.o dorgtr.o dsteqr.o  dsterf.o dlascl.o dlamch.o xerbla.o ilaenv.o dlassq.o dsytd2.o  dlatrd.o dorgql.o dorgqr.o dlasrt.o dlaset.o dlanst.o dlaev2.o  dlasr.o dlapy2.o dlartg.o dlae2.o dorg2r.o dlarft.o dlarfb.o  dorg2l.o dlarfg.o dlarf.o dspev.o dlansp.o dsptrd.o dopgtr.o  dppsv.o dspsv.o dgeev.o dsptrs.o dsptrf.o dpptrs.o dpptrf.o  dgebak.o dtrevc.o dlacpy.o dhseqr.o dorghr.o dgehrd.o dgebal.o  dlange.o dlabad.o dlahqr.o dlarfx.o dlanhs.o dlaln2.o dgehd2.o  dlahrd.o dlanv2.o dladiv.o dgerq2.o dorm2r.o dlarnv.o dgeqr2.o  dlaruv.o dspevd.o dstedc.o dopmtr.o dlaed0.o dlaed1.o dlaed7.o  dlaeda.o dlaed8.o dlaed9.o dlamrg.o dlaed2.o dlaed3.o  dlaed4.o dlaed5.o dlaed6.o
r - dsyev.o
r - dlansy.o
r - dsytrd.o
r - dorgtr.o
r - dsteqr.o
r - dsterf.o
r - dlascl.o
r - dlamch.o
r - xerbla.o
r - ilaenv.o
r - dlassq.o
r - dsytd2.o
r - dlatrd.o
r - dorgql.o
r - dorgqr.o
r - dlasrt.o
r - dlaset.o
r - dlanst.o
r - dlaev2.o
r - dlasr.o
r - dlapy2.o
r - dlartg.o
r - dlae2.o
r - dorg2r.o
r - dlarft.o
r - dlarfb.o
r - dorg2l.o
r - dlarfg.o
r - dlarf.o
r - dspev.o
r - dlansp.o
r - dsptrd.o
r - dopgtr.o
r - dppsv.o
r - dspsv.o
r - dgeev.o
r - dsptrs.o
r - dsptrf.o
r - dpptrs.o
r - dpptrf.o
r - dgebak.o
r - dtrevc.o
r - dlacpy.o
r - dhseqr.o
r - dorghr.o
r - dgehrd.o
r - dgebal.o
r - dlange.o
r - dlabad.o
r - dlahqr.o
r - dlarfx.o
r - dlanhs.o
r - dlaln2.o
r - dgehd2.o
r - dlahrd.o
r - dlanv2.o
r - dladiv.o
r - dgerq2.o
r - dorm2r.o
r - dlarnv.o
r - dgeqr2.o
r - dlaruv.o
r - dspevd.o
r - dstedc.o
r - dopmtr.o
r - dlaed0.o
r - dlaed1.o
r - dlaed7.o
r - dlaeda.o
r - dlaed8.o
r - dlaed9.o
r - dlamrg.o
r - dlaed2.o
r - dlaed3.o
r - dlaed4.o
r - dlaed5.o
r - dlaed6.o
	/bin/true lapack.a
	cd ../blas; make
	ar rvs blas.a dummy.o
r - dummy.o
	/bin/true blas.a
	xlf90   -qfree  -o nmode  nmode.o alloc.o angl.o assert.o  bond.o bresna.o cdiv.o chck.o chdir.o chlamba.o  debug.o difang.o difbon.o dihdup.o dihed.o  dirch.o dsort.o  eigout.o ephi.o eprnt.o errstp.o  findl.o forces.o  getcor.o getf.o getm.o getref.o grdmax.o  level.o lmdout.o lmode.o  makel.o movecm.o mweight.o mweit.o  new_stuff.o  nmdfil.o nonbon.o nonbon1.o norm.o norml.o nrch.o  oseen.o pairr.o pairw.o percon.o pload.o putvar.o  rdinp.o rdparm.o remrot.o resdis.o rgroup.o  savec.o savei.o  savet.o setang.o setatm.o setbon.o  setcor.o setdih.o setgam.o setgr.o setvar.o spsort.o  thermo.o timit.o traco.o  tsearch.o tstate.o  xconst.o zerout.o zxcgr.o mexit.o ../lib/rfree.o   ../lib/matinv.o ../lib/nxtsec.o  ../lib/amopen.o   ../lib/sys.a ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv nmode ../../exe
	cd resp; make install
	cd ../lib ; ./Makelist ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o ../lib/lapack.o 
Target "mexit.o" is up to date.
Target "amopen.o" is up to date.
Target "lapack.o" is up to date.
	cd ../lib ; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	xlf90     -o resp  resp.o ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o ../lib/lapack.o ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv resp ../../exe/
	cd protonate; make install
	cd ../lib ; ./Makelist ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o
Target "mexit.o" is up to date.
Target "amopen.o" is up to date.
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	xlf90     -o pol_h pol_h.o stm_sel.o sortf_as.o ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	xlf90     -o protonate protonate.o ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	xlf90     -o gwh gwh.o pdbatm.o pdbhet2.o top_3.o stm_sel.o sortf_as.o ../lib/mexit.o ../lib/amopen.o ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	mv pol_h protonate gwh ../../exe/
	cd anal; make install
	cd ../lib ; ./Makelist ../lib/rfree.o ../lib/rgroup.o ../lib/nxtsec.o  ../lib/util.o ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/ligenb.o
Target "rfree.o" is up to date.
Target "rgroup.o" is up to date.
Target "nxtsec.o" is up to date.
Target "util.o" is up to date.
Target "amopen.o" is up to date.
Target "mexit.o" is up to date.
Target "ligenb.o" is up to date.
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	xlf90     -o anal  anafil.o analgr.o analys.o angl.o anglp.o atmget.o  bangle.o bond.o bpgen.o  calhb.o calhx.o calpuc.o chain.o clear.o compact.o  dihtel.o dist.o  egout.o egrout.o ephi.o  gaus80.o gauss.o getall.o getcmn.o  hangl.o haxis.o hbond.o hbout.o helix.o  locmem.o lsqstr.o  matind.o mdbox.o mdread.o minv.o movecm.o  nhbpar.o  pdbout.o pdbrit.o percon.o prtri.o prtrin.o puck.o pucker.o  radgy.o rdparm.o rdrest.o resdis.o resnbn.o resnbp.o rms.o  rmsfit.o rmsmov.o  stell.o stogrd.o sumgrp.o   teldih.o telint.o tell.o tilang.o tilt.o tors.o traco.o  vect.o volume.o  xconst.o ../lib/rfree.o ../lib/rgroup.o ../lib/nxtsec.o  ../lib/util.o ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/ligenb.o ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv anal ../../exe/
	cd mm_pbsa; make install
	xlf90      -o make_crd_hg make_crd_hg.o ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	xlc -O2  -o molsurf molsurf.o -lm
	mv make_crd_hg molsurf ../../exe
	cp mm_pbsa.pl mm_pbsa_statistics.pl ../../exe
	cd pbsa; make install
	cd ../lmod; make
	cd xmin; make
Target "install" is up to date.
	cd nvib; make
Target "install" is up to date.
	cd lmod; make
Target "install" is up to date.
	ar rvs lmod.a xmin/*.o nvib/*.o lmod/*.o
r - xmin/xmin.o
r - nvib/nvib.o
r - lmod/lmod.o
	/bin/true lmod.a
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	cd ../lib; make nxtsec.o
Target "nxtsec.o" is up to date.
	cd ../lapack; make
	ar rvs lapack.a dsyev.o dlansy.o dsytrd.o dorgtr.o dsteqr.o  dsterf.o dlascl.o dlamch.o xerbla.o ilaenv.o dlassq.o dsytd2.o  dlatrd.o dorgql.o dorgqr.o dlasrt.o dlaset.o dlanst.o dlaev2.o  dlasr.o dlapy2.o dlartg.o dlae2.o dorg2r.o dlarft.o dlarfb.o  dorg2l.o dlarfg.o dlarf.o dspev.o dlansp.o dsptrd.o dopgtr.o  dppsv.o dspsv.o dgeev.o dsptrs.o dsptrf.o dpptrs.o dpptrf.o  dgebak.o dtrevc.o dlacpy.o dhseqr.o dorghr.o dgehrd.o dgebal.o  dlange.o dlabad.o dlahqr.o dlarfx.o dlanhs.o dlaln2.o dgehd2.o  dlahrd.o dlanv2.o dladiv.o dgerq2.o dorm2r.o dlarnv.o dgeqr2.o  dlaruv.o dspevd.o dstedc.o dopmtr.o dlaed0.o dlaed1.o dlaed7.o  dlaeda.o dlaed8.o dlaed9.o dlamrg.o dlaed2.o dlaed3.o  dlaed4.o dlaed5.o dlaed6.o
r - dsyev.o
r - dlansy.o
r - dsytrd.o
r - dorgtr.o
r - dsteqr.o
r - dsterf.o
r - dlascl.o
r - dlamch.o
r - xerbla.o
r - ilaenv.o
r - dlassq.o
r - dsytd2.o
r - dlatrd.o
r - dorgql.o
r - dorgqr.o
r - dlasrt.o
r - dlaset.o
r - dlanst.o
r - dlaev2.o
r - dlasr.o
r - dlapy2.o
r - dlartg.o
r - dlae2.o
r - dorg2r.o
r - dlarft.o
r - dlarfb.o
r - dorg2l.o
r - dlarfg.o
r - dlarf.o
r - dspev.o
r - dlansp.o
r - dsptrd.o
r - dopgtr.o
r - dppsv.o
r - dspsv.o
r - dgeev.o
r - dsptrs.o
r - dsptrf.o
r - dpptrs.o
r - dpptrf.o
r - dgebak.o
r - dtrevc.o
r - dlacpy.o
r - dhseqr.o
r - dorghr.o
r - dgehrd.o
r - dgebal.o
r - dlange.o
r - dlabad.o
r - dlahqr.o
r - dlarfx.o
r - dlanhs.o
r - dlaln2.o
r - dgehd2.o
r - dlahrd.o
r - dlanv2.o
r - dladiv.o
r - dgerq2.o
r - dorm2r.o
r - dlarnv.o
r - dgeqr2.o
r - dlaruv.o
r - dspevd.o
r - dstedc.o
r - dopmtr.o
r - dlaed0.o
r - dlaed1.o
r - dlaed7.o
r - dlaeda.o
r - dlaed8.o
r - dlaed9.o
r - dlamrg.o
r - dlaed2.o
r - dlaed3.o
r - dlaed4.o
r - dlaed5.o
r - dlaed6.o
	/bin/true lapack.a
	cd ../blas; make
	ar rvs blas.a dummy.o
r - dummy.o
	/bin/true blas.a
	xlf90   -qfree  -o pbsa pbsa.o runmd.o runmin.o lmod.o mdread.o rdparm.o getcor.o  force.o pb_force.o pb_init.o egb.o ene.o  decomp.o icosasurf.o findmask.o printe.o locmem.o  fastwt.o echoin.o parallel.o shake.o mdwrit.o minrit.o  set.o setmm.o dynlib.o mdfil.o nmlsrc.o  rstack.o istack.o rfree.o rgroup.o  random.o amopen.o debug.o degcnt.o  mexit.o new_time.o matinv.o assert.o veclib.o constantph.o ../lmod/lmod.a ../lib/sys.a ../lib/nxtsec.o  ../lapack/lapack.a ../blas/blas.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv pbsa ../../exe
	cd etc; make install
	cd ../lib ; ./Makelist ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/nxtsec.o
Target "amopen.o" is up to date.
Target "mexit.o" is up to date.
Target "nxtsec.o" is up to date.
	xlf90     -o ambpdb ambpdb.o forFIRSTtype.o forFIRSTbond.o forFIRSThbond.o  forFIRSTteth.o forFIRSToutp.o  ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/nxtsec.o -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	xlf90     -o nucgen nucgen.o ngfil.o ../lib/amopen.o ../lib/mexit.o ../lib/nxtsec.o  ../lib/sys.a -L/usr/lib -lblas -L/usr/lib -lessl
	/bin/mv ambpdb nucgen ../../exe/
	/bin/cp calcpka.pl cpinutil.pl CPin.pm ../../exe
	cd divcon; make install
	cd ../lib; make sys.a
Target "sys.a" is up to date.
	xlf90     -o divcon assign.o atgrid.o atmchg.o atmlist.o av.o  bcheck.o bleng.o block.o bndang.o boxmove.o boxstep.o bpair.o  bsort.o bsrch.o balance.o bspline.o  calcgeo.o chkovlp.o chkres.o clustsub.o cmbcore.o cmbsub.o  denful.o densub.o diag.o diagp.o diat.o dihedr.o diisub.o diislb.o  dipole.o doferm.o dograd.o doscfdc.o densubfdm.o  edriver.o energydc.o error.o escf.o esqr.o esqrfdm.o etimer.o  fmix.o fockdc.o freq.o frmchk.o fshift.o  g2int.o gcart.o gensub.o geoopt.o getcrd.o getdir.o getpar.o  getpep.o getrforc.o getxyz.o glbpnt.o gridafnc.o  gridrfnc.o header.o homolumo.o hsep.o  icoord.o ijpair.o initp.o intpr.o lbfgs.o linmin.o lsolve.o  math.o mixgrid.o mkgrid.o mosub.o mosubfdm.o mosubfdmx.o  mvcrd.o namemcf.o  opnfil.o overlp.o  pbcxyz.o pgridrfnc.o pgridafnc.o printsub.o pmix.o  prjfc.o printpar.o push.o  rdalldc.o rdbelly.o rdbox.o rdcluster.o rdcomb.o rdgrid.o rdgroup.o   rdint.o rdkeys.o rdnext.o rdnum.o rdrst.o rdsub.o rdword.o  rdxyz.o resgrid.o rcalc.o rdtail.o rdlist.o repul.o  random.o rotate.o rdguess.o rddmx.o rdneighb.o rdpdb.o  rddos.o rdprtvec.o rdhess.o  septs.o setbox.o setncell.o setup.o setunit.o sproc.o stripkeywd.o   setdef.o setopt.o setprtvec.o sabt.o tsqna.o tsrfo.o upcase.o   wdjoin.o whatis.o wrtchg.o wrtgrd.o wrthss.o wrtint.o wrtpdb.o wrtrst.o  wrtvec.o wrtcoor.o wrtxyz.o wrttim.o wrtdiv.o wrtdmx.o wrtvecsub.o  zmake.o divcon.o  ../lib/sys.a
	mv divcon ../../exe
	cd antechamber; make install
	xlc    -O2  am1bcc.o -lm -o am1bcc  
	xlc    -O2  antechamber.o -lm -o antechamber  
	xlc    -O2  atomtype.o -lm -o atomtype  
	xlC bondtype.o -lm -o bondtype  
	xlc    -O2  crdgrow.o -lm -o crdgrow
	xlc    -O2  database.o -lm -o database
	xlc    -O2  espgen.o -o espgen
	xlc    -O2  parmcal.o -lm -o parmcal
	xlc    -O2  parmchk.o -lm -o parmchk
	xlc    -O2  prepgen.o -lm -o prepgen
	xlc    -O2  respgen.o -lm -o respgen
	mv am1bcc  antechamber  atomtype  bondtype  crdgrow  database  espgen  parmcal  parmchk  prepgen  respgen ../../exe
	cp README_EXE ../exe/README
	cd leap; make install
Compiling basic programs
	cd src/Wc; make
Target "libWcLeap.a" is up to date.
	cd src/Xmu; make
Target "libXmu.a" is up to date.
	cd src/Xpm; make
Target "libXpm.a" is up to date.
	cd src/Xraw; make
Target "libXaw.a" is up to date.
	cd src/leap; make install
	xlc    -o xaLeap basics.o sysdepend.o stringExtra.o varArray.o getline.o avl.o pdb_format.o pdb_read.o pdb_sprntf.o  pdb_sscanf.o pdb_write.o vector.o zMatrix.o sort.o bag.o hash.o  dictionary.o database.o nVector.o ring.o matrix.o fortran.o displayer.o assoc.o atom.o byteArray.o  collection.o container.o internal.o list.o loop.o molecule.o  oDouble.o oInteger.o oString.o objekt.o parmSet.o residue.o unit.o unitio.o tripos.o graphUtil.o select.o amber.o build.o elements.o library.o chirality.o minimizer.o model.o parmLib.o pdbFile.o tools.o variables.o parser.o help.o helptext.o octree.o commands.o mathop.o block.o restraint.o hybrid.o xTank.o xAction.o x3d.o xBasics.o  xaLeapc.o xaUnitEditor.o xaTable.o xaAtomTable.o  XrawRegistr.o xaCommand.o xaTools.o  xaAtomParmTable.o xaBondParmTable.o  xaAngleParmTable.o xaParmEditor.o xaTorsionParmTable.o xaImproperParmTable.o  xaHBondParmTable.o ../Xraw/libXaw.a ../Wc/libWcLeap.a ../Xpm/libXpm.a  ../Xmu/libXmu.a -L/usr/X11R6/lib -lXt -lXext -lSM -lICE -lX11 -lm -lpthread
	m4 -B50000 xaLeap.rm4 > XaLeap_wcl
	xlc    -o teLeap basics.o sysdepend.o stringExtra.o varArray.o getline.o avl.o pdb_format.o pdb_read.o pdb_sprntf.o  pdb_sscanf.o pdb_write.o vector.o zMatrix.o sort.o bag.o hash.o  dictionary.o database.o nVector.o ring.o matrix.o fortran.o displayer.o assoc.o atom.o byteArray.o  collection.o container.o internal.o list.o loop.o molecule.o  oDouble.o oInteger.o oString.o objekt.o parmSet.o residue.o unit.o unitio.o tripos.o graphUtil.o select.o amber.o build.o elements.o library.o chirality.o minimizer.o model.o parmLib.o pdbFile.o tools.o variables.o parser.o help.o helptext.o octree.o commands.o mathop.o block.o restraint.o hybrid.o tLeap.o -lm
	mv xaLeap teLeap ../../../../exe
	mv XaLeap_wcl ../../../../dat
Copying shell scripts
	cp xleap tleap ../../exe
Copying pixmaps
	mkdir ../../dat/pixmap
mkdir: 0653-358 Cannot create ../../dat/pixmap.
../../dat/pixmap: Do not specify an existing file.
make: 1254-004 The error code from the last command is 2.
make: 1254-005 Ignored error code 2 from last command.
	( cd pixmap ; cp `find . -name CVS -prune -o -type f -print ` ../../../dat/pixmap  )
Finished with the install of LEaP

Installation of Amber8 (serial) is complete at Mon Jan 31 11:08:35 CST 2005.

